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樟树(Cinnamomum camphora)属于樟科(Lauraceae)樟属(Cinnamomum Trew)植物,广布于我国南方各省区。樟树分子学研究薄弱,目前尚未有关于樟树全基因组分子标记开发和应用研究的报道。本研究基于樟树全基因组序列开发了一批SSR引物,并随机挑选部分引物进行了多态性检测及在樟科其它植物中进行了通用性分析。研究结果如下:1.对樟树全基因组SSR位点的分布、频率和基元特征进行了分析。樟树的全基因组序列中,利用MISA软件共检索获得1~6个核苷酸重复的SSR位点114,774个,平均350bp出现1个微卫星;SSR的主要重复类型为单核苷酸和二核苷酸,分别占SSR总数的55.93%和32.19%;A/T基元和(AG)_n基元为主要基元。获得了7193对SSR引物。2.樟树全基因组SSR引物多态性检测及群体遗传多样性初步分析。随机设计合成200对引物,当中61对引物在樟树5份样品中具有多态性;选择多态性较好的27对引物对3个古樟群体进行了分析,共检测到115个等位基因(na),平均每个位点扩增出4.2593个等位基因;有效等位基因数(ne)为83.9个,平均每个位点为3.1075个;期望杂合度(He)、观测杂合度(Ho)及Nei’s的平均值分别为0.5370、0.6664和0.6582。自主开发出一批樟树全基因组SSR分子标记。3.在樟科植物中对所开发的27对引物进行了通用性检测。在樟属樟组(Sect.Camphora)6种植物中通用性为100%,在肉桂组(Sect.Cinnamomum)4种植物中通用性为51.85%;在楠属(Phoebe)5种植物中通用性为29.63%;在润楠属(Machilus)5种植物中通用性为33.33%。本研究给出了一个在樟科其它种中开发SSR的新途径。