随着国家科技经费投入的持续增长,以及我国民众参与监督意识的增强,科研活动越来越受国家及公众的关注,同时国家多次出台科研经费管理的指导意见,为了统一科研经费管理,配合科研活动的开展,对高校纵向科研经费管理的研究,体现了高校科研经费管理行为的正确性,推进高校科研经费管理体制的完善和创新,提高高校纵向科研经费使用效率,具有一定的理论意义和现实意义。本文在借鉴科研管理相关理论和发达国家科研基金管理经验的基础上,综合国内外研究现状,采用比较研究、文献研究、案例分析、访谈调查等方法,比较深入的研究了X大学的纵向科研经费管理体系,通过对比X大学、Y科技大学与Z交通大学三所高校在纵向科研经费管理办法上的差异,找到了部分X大学纵向科研管理办法中存在的问题,如校内依据的管理办法落后、结余经费管理办法过于松散、预算调整复杂等。同时通过对X大学校内财务、审计、科研各部门人员的访谈,得到了一些X大学纵向经费管理上的问题,并分别从预算、内部管理、审计决算几个模块对问题进行梳理,在分析问题产生原因的基础上,根据X大学科研经费垂直管理体制的目标和原则,并依据对国家最新政策的分析和借鉴国外在预算、内部管理、审计、决算等的有效办法,提出了针对X大学纵向经费管理的预算、内部管理、审计决算几方面提出具体优化建议,主要包括简化预算流程、设置科研财务秘书岗位、完善信息化内部管理平台、增强各部门间的沟通、简化经费审批流程、减少不必要的审查、加强审计方面的技术支持、建立合理的审计结果公示制度、强调科研过程及结果的验收考核、结余经费的处置办法等。文章最后根据提出的优化建议设计了一系列的保障措施以促使建议能够正常的运行。本文在以了解X大学纵向科研经费管理现状的基础上,认识到科研经费管理制度以及学校科研经费管理各个模块管理的合理化科学化的重要性,其是实现科研经费效益最大化的重要途经,也是避免高校科研经费腐败事件发生的重要办法,通过对现有问题的优化能够很大程度上提升科研经费的使用效益。