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由Xanthomonas oryzae pv.Oryzae(Xoo)引起的白叶枯病是水稻生产中普遍发生、危害严重的一种细菌病害。本研究采用我国和菲律宾的4个Xoo代表菌株，人工接种评价了来源于32个国家和中国25个省份的701份基因组重测序水稻种质资源的白叶枯病抗性，结合调查病斑长度的表型数据和实验材料的SNPs数据进行水稻白叶枯病抗性的全基因组关联分析(Genome-WideAssociated Study，GWAS)，此外，通过构建遗传分离群体，初步验证了一些抗病相关位点。主要研究结果如下: 1.抗病材料的筛选:分别采用Xoo代表菌株Zhe173(C3)、GD1358(C5)、PXO61(P1)和PXO339(P9a)对701份水稻种质资源进行人工接种，发现有29份水稻种质资源对4个Xoo菌株具有较高抗性水平，筛选到对广东强毒力菌株C5表现抗性的品种小红谷和豪格劳。 2.将白叶枯病斑长度的表型数据与水稻种质资源的SNPs数据进行全基因组关联分析，检测到包含219个基因座的5432个显著关联位点。其中，已精细定位的4个抗性基因(Xa32，Xa35，Xa36和Xa40)和一个已克隆Xa4位于R34和R35内;R36和R40位置接近或直接位于两个已克隆的抗性基因(xa25和Xa26)上，此外，在1，6，7，8和10号染色体上检测到一些新的显著关联位点(Chr1_32274685，P=2.4×10-12; Chr6_5823342，P=1.4×10-13; Chr7_6376139，P=4.0×10-11;Chr8_3317405, P=1.8×10-14; Chr10_1520158, P=1.7×10-14)。 3.抗性遗传分析和定位群体构建:利用抗白叶枯病水稻品种山酒谷、特青选恢为供体亲本，与感病品种金刚30杂交，构建F2分离群体。通过遗传分析鉴定的位点与全基因组关联分析定位的位点大部分重合或接近。 4.基于GWAS结果，针对C5和Ⅳ菌株显著关联SNPs中的非同义突变SNPs位点开发了2个与水稻白叶枯病抗性相关联的分子标记 上述研究结果一方面为水稻抗白叶枯病育种提供新的抗源，另一方面为进一步精细定位和克隆抗白叶枯病基因提供了新的信息。