科技企业孵化器是以促进科技成果转化、培养高新技术企业和企业家为宗旨的科技创业服务载体。孵化器是国家创新体系的重要组成部分，是创新创业人才培养的基地，是区域创新体系的重要内容。目前，我国科技企业孵化器主要有政府事业型、国企公司型、民营公司型三种不同的组织形式，虽在投资主体、管理机制、营利模式、服务体系等方面各有差异，但都已经步入了快速发展阶段。西安经开区的科技企业孵化器发展还处于摸索阶段，为了打破这一瓶颈，经开区管委会急需制定一套适合经开区科技企业孵化器良性发展的孵化器运行模式，这将对经开区统筹科技资源工作和建设全产业链的服务体系发挥极其重要的作用。首先，介绍了国内外对科技企业孵化器的研究概况，包括孵化器的定义内涵、发展状况、运行模式等内容。其次，分析了西安经开区科技企业孵化器的发展现状、运行模式、面临的问题及原因，并与深圳南山区孵化器运行模式进行了对比分析，同时运用数据包络分析法(DEA)对西安经开区与深圳南山区两地孵化器在不同运行模式下的运行效率指标进行了比较分析。第三，在进一步厘清西安经开区创新型孵化器运行模式基本思路和基本要素的基础上，构建了西安经开区创新型孵化器运行模式，并采用数据包络分析法(DEA)对新模式的运行效率进行了分析。最后，提出了确保西安经开区创新型孵化器运行模式顺利实施的保障措施与政策建议。