本论文系统地论述了陈确的理学思想:从本体论上论述陈确是以“心即理”为第一原理的,心不仅是本体、是良知,而且是认知和觉解之心。在人性论上,陈确是一位善性论者,但是他认为人的先天之性是不完全的,人必须扩充才能达到性全境界,所谓继善成性。从性一元论出发,他论述了理欲一元,认为“人欲恰好处即天理”,他反对灭欲的说法,以为人欲不可遏绝,但他并不是一个以欲为首出的理学家,他仍旧是主张以理制欲的道学家。从理欲一元论出发,陈确对义利观有新的见解,他肯定了人的“私”的合理性,认为人人有私,圣人亦不例外,私是人的创造动力,正因为有私,圣人才能有所成就。他不反对学者对利的追求,认为人因有父母妻子需要供养,而不能待养于人,所以学者应该以治生为本,对于学者来说,治生尤切于读书。在知行观上陈确强调行比知重要,反对程朱“知先行后”的观点,提倡“知行合一”。不过他的理解和王阳明的理解不同:王阳明有以良知摄行的意味,所谓良知发动处即行,就是良知的直觉指导人的现实行动;而陈确正相反,他要销知入行,以行摄知,知行并进。尤其是他驳斥了《大学》中的“知止”说和“止于至善”说,认为知止说会导致学者重知而不重行,停留在知的层面上;至于“止于至善说”,他认为人为善是无止境的,今日有今日之善,明日有明日之善,因而善无止境,行亦无止境。在学理之争中,他辩证《大学》非圣经,是对程朱学派学者依据的文献作釜底抽薪式的排击,从而理学内部的争论,上升为文献之争、经典之争,这样,回归经典便日益提上了日程,所以陈确的《大学辨》具有承前启后的意义。陈确依然是一位理学家,他的学术思想的目的是培养“完人”,因而他也有严格的修养方法,他笃信慎独宗旨,认为慎独即是“去私”,而“去私”即是“知过改过”,他的理论前提仍然是强调心的灵觉,所谓“心所不安者,必勿为”。可以说陈确的思想仍旧是心学余绪。当然他有些思想如人性论、义利观与传统理学有些不同,具有一定的时代创新和思想启蒙的意义。