光叶水稻是一类在叶片和谷粒等表面都光滑无毛的水稻，为美国南部和非洲一些国家的主栽品种。已有研究表明，水稻的光叶性状受一对位于第5染色体的隐性基因gl1控制。本实验旨在对gl1进行精细定位，分析候选基因，为最终克隆gl1基因、研究毛状体形态建成的调控奠定基础。首先根据与gl1连锁的RFLP标记在第5染色体上的大致位置，有选择地用第5染色体上的部分微卫星(SSR)标记研究热带光叶粳稻(AP9)与毛叶籼稻(浙恢7954)的杂交分离群体，获得与光叶性状的共分离的SSR标记RM17990。在此基础上，采用与RM17990相邻的更多SSR标记以及针对该群体开发的插入/缺失(Indel)标记将gl1定位在RM17759-RM17831之间(物理区间为538kb-1.649 Mb)。为进一步缩小范围，发展了毛细管电泳方法和能够识别单碱基多态性(SNP)的四引物扩增受阻突变体系-PCR(Tetra-primer amplification refractory mutation system PCR，ASPCR)标记，将gl1的区间缩至770.5kb-977.1kb之间。结合其它实验室有关gl1定位的最新结果，我们将gl1定位在971kb-977.1kb之间，并对其中的全部4个注释基因进行测序和比对分析，只发现Loc_Os05g02750的5’端非翻译区在光叶水稻和毛叶水稻之间存在一个碱基差异，该差异可能是造成光叶突变的原因。