中国是一个农业大国，乡村治理与发展历来是国家发展的重要内容，在乡村正式组织经济功能日趋弱化的背景下，乡村治理不仅显得重要，而且也显得异常艰难。随着农村经济社会的发展，农村社会基础结构发生了重大变化，如何调整乡村治理机制需要认真思考。乡村治理需要多个主体协同作用，长期以来农村行政组织一直在乡村治理中发挥着主导作用，当前治理体制在新农村建设背景下己显出诸多问题。农民经济合作组织逐步发展，通过与乡镇政府和村组织互动，在相互作用中共同参与了乡村治理。本文以治理理论等相关内涵为基础，选取农村行政组织（乡镇政府和村两委）和农民合作经济组织为研究对象，通过比较研究法、系统研究法、文献分析法和多学科综合研究等方法，比较深入的分析了农村行政组织和农民合作经济组织两类治理主体，就二者在乡村治理中存在的问题进行了简要阐述，提出应对对策，本文得出以下结论。随着农民合作经济组织的科学规范发展和其对乡村治理参与的逐步加强，农民合作经济组织与村组织融入和重叠形成的“村社”合一的治理模式将成为农民合作经济组织参与乡村治理的结果和今后乡村治理模式发展的主流；从长远和总体看，随着市场经济的发展完善、农民合作经济组织发展的成熟，乡村治理模式将由政府主导的多元治理向市场主导的多元治理逐渐转变。实现并发挥农村行政组织和农民合作经济组织参与乡村治理的合力，就必须从农村行政组织有效调整、合作经济组织自身规范性发展等方面努力，构建一个共同存在、协调发展的环境，形成乡村治理中农村行政组织和农民合作经济组织和谐良好的相互关系。