基于SSR标记的中国水稻地方品种与选育品种遗传多样性研究

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水稻是我国主要的粮食作物,充分利用我国丰富的稻种资源遗传多样性,拓宽育种亲本的遗传背景,对我国水稻生产具有重要意义。目前,对我国栽培稻遗传多样性与遗传结构的研究很多,然而,运用SSR标记对稻种资源遗传背景分析时,有关其引物数目及在染色体上的分布对结果有何影响的研究尚不明确,另外,针对地方品种与现代选育品种进行统筹比较的研究也较为欠缺。本研究运用多样性参数、相关系数、标准误、以及聚类分析相结合的方法,旨在明确分析亚洲栽培稻遗传关系时需要的最少SSR引物数目及其在染色体上分布特点;以202份具有代表性的水稻品种为研究对象,利用均匀分布于水稻12条染色体上的98个SSR标记,分析地方品种和选育品种的遗传多样性与遗传结构,探讨两群体之间的遗传分化,可有助于提高水稻遗传多样性研究在育种领域中的有效利用。主要研究结果如下:1、以12为梯度,共选取10个梯度,运用多样性参数、相关系数、标准误、以及聚类分析相结合的方法,确定在分析亚洲栽培稻遗传多样性及遗传关系时,所需的最少SSR引物数目及其对染色体分布的要求。研究结果表明,120对引物在69份试验材料中共检测到1256个等位变异,每个位点的等位基因数(Na)差异较大,变化范围为2~27,平均为10.5;平均基因多样性指数(He)为0.760,变化范围为0.412~0.951。2、研究群体遗传多样性及遗传关系时,引物在染色体上的分布对其分析无显著影响。只有引物数目在72对以上,才能客观地反映亚洲栽培稻的遗传多样性;只有当引物数目在64对以上,才能客观亚洲栽培稻遗传变异关系。3、利用98个SSR标记对202份中国水稻地方品种和选育品种的遗传多样性进行比较分析。结果显示供试品种具有较丰富的遗传多样性,共检测到等位基因1350个,每个位点的等位基因数(Na)变化范围为3~39,平均14个;Nei基因多样性指数变化范围(He)为0.125~0.955,平均0.733;多态信息量(PIC)变化范围为0.122~0.953,平均0.680;稀有等位基因数(Nr)913个;等位基因丰度(Rs)8.33。4、栽培稻地方品种和选育品种遗传多样性差异明显,地方品种等位基因数、Nei基因多样性指数、多态信息量、稀有等位基因数和等位基因丰度(Na=1 219,He=0.747,PIC=0.710,Nr=756,Rs=8.50)均高于选育品种(Na=919,He=0.704,PIC=0.650,Nr=529,Rs=7.01)。5、各染色体组水平的遗传多样性分析表明,选育品种仅在1号染色体上的遗传多样性高于地方品种,进一步分析显示选育品种的遗传改良在基因组水平上具有区间特异性。
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