本论文结合功能研究和进化遗传学方法对动物天然免疫(innate immunity)相关分子的进化历程进行深入研究。　　 受体对病原微生物的识别是天然免疫系统发挥功能的基础。作为模式识别受体(pattern recognition receptor,PRR)，果蝇肽聚糖识别蛋白SD(PGRP-SD)在识别革兰氏阳性细菌的过程中发挥了重要作用。针对已有的黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)群体数据，发现PGRP-SD在群体中存在2类高频的等位基因(分别为等位基因1和等位基因2)。以D。simulans为外群，追溯了黑腹果蝇2类等位基因上氨基酸的变化。这些氨基酸的结构特征和在蛋白质上所处的位置提示这2类等位基因在功能方面可能存在分化。通过功能研究，发现在黑腹果蝇中该基因功能方面发生了显著的变化。等位基因2在有微生物时能激活天然免疫反应，但等位基因1的转基因果蝇成虫只要有外伤即便没有微生物的情况下即能激发天然免疫反应，而带有等位基因2果蝇成虫则不具有该功能。这一结果提示我们，发生在该等位基因上的氨基酸变化导致了其识别功能的变化。与推导的祖先基因相比，等位基因1发生了一个氨基酸的变化，因此导致其具有了识别自体损伤的功能，即该病原相关分子模式(pathogen-associated molecular pattern，PAMP)识别受体进化出损伤相关识别模式(damage-associaLted molecular pattern，DAMP)识别功能。通过这一功能变化，果蝇成虫可以通过仅识别自身损伤即可激活相应的免疫反应，对后续可能侵入的微生物进行杀伤。群体遗传学分析的结果显示，上述两类等位基因在世界群体和地方群体中均呈现明显的二态性，其上的4个氨基酸多态位点呈现了高度的连锁不平衡。这些结果提示该基因可能受到了平衡选择的作用。在与微生物的“军备竞赛”中，依赖于两类等位基因的免疫识别策略(PAMP和DAMP)相互补充，给予黑腹果蝇更大的生存机会。　　 上述工作主要研究了天然免疫系统识别受体的进化。而本论文的另一部分则主要针对天然免疫系统的效应分子(effector)进行了研究。作为重要的效应分子，抗菌肽在杀菌方面发挥着最为直接的作用。因此，研究抗菌肽的进化对于探索天然免疫系统的进化具有重要意义。本研究以两栖类动物大蹼铃蟾抗菌肽基因家族为例，通过对分别来自2个大蹼铃蟾个体的皮肤cDNA文库进行测序，鉴别出56个不同的抗菌肽cDNA序列。每一个cDNA均编码2个不同的抗菌肽，maximin和maximin H。基于针对这些cDNA序列的分析，发现2类抗菌肽编码序列的非同义替代率均高于同义替代率，呈现高度分化的特征。但是，在信号肽和其它非抗菌肽编码区域并没有发现这种情况。这一结果提示抗菌肽可能受到超显性选择(overdominent selection，即平衡选择)的影响。同时，分别从皮肤和肝脏克隆基因了7个抗菌肽的基因组编码序列并进行了测序。这些从不同组织获得的抗菌肽在各个编码序列中均存在序列的差异的同时呈现了相同的结构。这一结果提示不同抗菌肽间的差异不太可能来自于体细胞突变而是快速序列进化的结果。通过构建来自于同一个体的抗菌肽的不同编码区的基因树，我们发现结构域重排(domain shuffling)和/或基因转换(gene conversion)在这些抗菌肽的进化历程中发挥作用。