近年来随着经济发展与国家财政职能的发挥,国家财政对公共项目支出的逐渐加重。审计署与地方审计机关开展的重大专项资金审计项目逐年增多,相应地重大专项资金审计工作的审计需求也越来越多,专项资金绩效审计工作逐渐成为财政部对公共资金支出项目的新的方向。作为专项资金分支之一的重大新药专项资金,在进行审计工作中仍存在一些不足,如重大新药专项资金使用效果难以探究和审计任务重审计效率较低等等。因此,明确重大新药专项资金绩效审计工作纲领,构建绩效审计评价体系是促进重大新药专项资金绩效审计工作的重中之重。本文立足于新公共管理理论、受托经济责任理论和绩效审计5E理论基础,明确了专项资金审计有关概念,对重大新药专项资金和专项资金绩效审计的概念做出了界定。同时,采用文献研究法对国内外前辈学者在不同领域的财政专项资金、专项资金审计和重大新药专项资金绩效审计的相关文献进行梳理。本文选取的案例为作者亲身参与的2018年A公司重大新药专项资金审计项目。首先,在阐述现行审计工作流程时,以审计准备阶段、审计实施阶段、审计终结阶段为顺序,依次对重大新药专项项目申请、资金筹集和到位、资金使用和管理的情况展开分析,发现并提出项目现行审计中存在的问题,由此引入重大新药专项资金绩效审计的必要性。其次,对重大新药专项资金绩效审计进行方案设计,总体思路是将审计目标分解到指标、每个指标对应不同的审计标准和内容、针对每项指标进行审计工作。接着通过构建明确的绩效审计指标体系,结合项目实际情况进行考核和权重分配,具体从审计组织安排、审计依据、审计事项、审计内容这四个方面来展开工作。最后是重大新药专项资金绩效审计结果及建议。在前文对审计指标的考核和赋权基础上进行评估打分,根据公式计算出该项目的经济性、效率性、效果性、环保性和创新性的绩效评价分值;总结绩效审计表现以及绩效成效,并对A公司重大新药专项项目在审计方面提出一些建议。本文的主要贡献是为重大新药专项资金绩效审计实务提供了一定的实践思路,同时对实际审计工作有一定的借鉴,希望为重大新药专项资金绩效审计的发展贡献一份力量。