痛风关联基因多态性分子诊断技术的建立及应用

来源 :兰州大学 | 被引量 : 2次 | 上传用户:haoxuexi0825
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目的筛选痛风关联基因并建立其聚合酶链式反应-高分辨熔解(polymerase chain reaction-high resolution melting,PCR-HRM)分子诊断技术,研究其与兰州地区原发性痛风的易感性。方法通过高甘油三酯核心家系标本外显子组测序筛选关联基因,使用Primer-BLAST在线软件设计筛选基因和文献报道痛风易感基因SNP的特异性引物,建立PCR-HRM分子诊断技术。以Sanger测序为“金标准”进行方法学验证,通过特异性、灵敏度、重复性和再现性评价其检验性能,并对398例原发性痛风患者标本基因分型以评价其临床适用性。数据统计学处理采用SHEsis在线软件计算等位基因和基因型频率,分析连锁不平衡和单倍型。以千人基因组中国人群数据为对照,使用SPSS软件进行卡方检验,分析兰州地区人群各SNP的痛风易感性,使用logistic二元回归方法分析不同遗传模型下基因多态性与痛风发病风险的相关性。结果(1)建立的APOC3基因(rs5128 C>G、rs2070667 G>A、rs2070666 T>A、rs76353203 C>T和rs121918382 A>G)、APOA4基因(rs2234668 G>A和rs5104T>C)、APOA5基因(rs3135507 C>T、rs2266788 T>C、rs662799 T>C和rs2075291G>T)、APOBEC1基因(rs2302515 C>G)、APOBEC4基因(rs1174657 A>G、rs1174658 A>G和rs10911391 G>A)、ABCG2基因(rs2231153 T>C)、GCKR基因(rs1260326 A>G)以及SLC22A12基因(rs3825018 C>T、rs3832794 G>-和rs148845071 G>A)等20个SNP的PCR-HRM分子诊断技术经测序验证结果完全一致,并成功基因分型398例临床样本。(2)检验性能评价结果显示,本研究建立的20个SNP的基因分型方法灵敏度和特异性均达到100%,rs76353203、rs121918382、rs2075291、rs3135507、rs2266788、rs662799、rs1174657、rs2231153、rs1260326和rs3825018位点纯合基因型T_m值的变异系数(CV)均小于1%,其中,rs3135507、rs2266788、rs662799、rs1174657、rs2231153、rs1260326和rs3825018位点两纯合基因型的T_m值均有统计学差异(P<0.05),重复性和再现性良好。(3)除rs75353203、rs121918382、rs2234668和rs2075291外,其余16个位点的统计学分析显示,rs2070666位点基因型频率、rs10911391和rs3135507位点等位基因频率和基因型频率在病例组和对照组间有显著差异(P<0.05)。(4)病例组经甘油三酯(triglycerides,TG)分层后,rs2266788和rs662799位点等位基因和基因型频率、rs1174658位点等位基因频率在高TG痛风组和TG正常痛风组间存在统计学差异(P<0.05);rs1260326位点等位基因和基因型频率和rs3832794位点等位基因频率在高TG痛风组与对照组间存在统计学差异(P<0.05)。(5)在三种遗传模型下,对不同组间存在统计学意义的位点进行发病风险回归分析。结果显示,在病例组和对照组间,rs2070666位点纯合突变基因型AA在隐性和共显性模型下存在显著差异;rs10911391位点野生基因型GG和rs3135507位点野生基因型CC在显性遗传模型下存在显著差异,rs10911391位点杂合基因型AG在共显性模型下存在显著差异(P均<0.05)。在高TG痛风组和TG正常痛风组间,rs2266788和rs662799位点野生基因型TT在显性遗传模型下有显著差异;rs2266788杂合突变型CT在共显性遗传模型下有显著差异;rs662799纯合突变基因型CC在隐性和共显性模型下有显著差异(P均<0.05)。在高TG痛风组和对照组间,rs1260326位点野生基因型AA和rs3832794位点野生基因型GG在显性模型下有显著差异;rs1260326位点杂合突变基因型AG在共显性模型下有显著差异(P均<0.05)。(6)单倍型分析结果显示,rs5104和rs5128位点单倍型TG、rs2266788和rs662799位点单倍型CC和TC在病例组和对照组间存在统计学差异(P均<0.05)。结论(1)建立的8个基因20个SNP的PCR-HRM分子诊断技术可用于临床常规检测。(2)APOC3、APOA4、APOA5、APOBEC4基因、GCKR基因和SLC22A12基因多态性与兰州地区原发性痛风易感相关。
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