膀胱癌患者算清microRNA实时荧光定量PCR法检测中内参基因的筛选及验证

来源 :山东大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:shanwq1983
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目的  通过对非肌层浸润性膀胱癌患者、肌层浸润性膀胱癌患者以及健康对照者血清中microRNA(miRNA)表达情况进行检测,筛选并验证出适用于膀胱癌患者血清miRNA实时荧光定量PCR法检测的内参基因,为膀胱癌患者血清miRNA类肿瘤标志物的筛选及后续研究提供可靠的内参基因。  方法  1.采用Miseq测序技术,对10例非肌层浸润性膀胱癌患者、10例肌层浸润性膀胱癌患者以及10例健康对照者血清中miRNA表达谱进行测序,并筛选出其中表达水平较高且稳定性较好的miRNA用于验证。  2.采用实时荧光定量PCR技术,首先在30例非肌层浸润性膀胱癌患者、30例肌层浸润性膀胱癌患者以及35例健康对照者血清中对初步筛选出的miRNA及U6在血清中的表达水平进行验证,排除部分表达水平较低或者表达稳定性较差的内参基因分子后,利用geNorm以及NormFinder软件对剩余候选内参基因分子进行计算分析,分别得到最稳定内参基因以及最佳内参基因组合。  3.另选取63例非肌层浸润性膀胱癌患者、61例肌层浸润性膀胱癌患者以及67例健康对照者,采用实时荧光定量PCR技术对软件所推荐的最稳定内参基因以及最佳内参基因组合表达水平进行检测。最后选取miR-148b-3p为目的分子,通过采用实时荧光定量PCR技术检测其在46例膀胱癌患者(包括26例非肌层浸润性膀胱癌患者和20例肌层浸润性膀胱癌患者)以及46例健康对照者中表达差异情况,以验证所筛选内参基因的可靠性及稳定性。  4.采用One-wayANOVA检验对内参基因组间表达差异进行比较。  5.采用Mann-WhitneyU检验对miR-148b-3p组间表达差异进行比较。  结果  1.Miseq测序结果显示,在非肌层浸润性膀胱癌患者组、肌层浸润性膀胱癌患者组以及健康对照者组血清中,分别测得206、259和180个miRNA表达拷贝数大于10,经初步筛选其中共有10个miRNA符合内参筛选要求,分别为hsa-miR-193a-5p、hsa-miR-191-5p、hsa-miR-16-5p、hsa-miR-10a-5p、hsa-miR-345-5p、hsa-miR-143-3p、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-502-3p、hsa-let-7d-3p、hsa-miR-141-3p。U6亦被纳入下一步分析。  2.经初次实时荧光定量PCR验证后,hsa-miR-10a-5p和hsa-miR-345-5p因在部分样本中未表达而被排除,其余9个基因分子在三组之间的表达水平无明显差异(P>0.05),其中4个miRNA(hsa-miR-143-3p、hsa-miR-140-3p、hsa-miR-502-3p和hsa-miR-141-3p)的表达水平Ct值中位数大于35被排除。剩余4个miRNAhsa-miR-193a-5p、hsa-miR-16-5p、hsa-miR-191-5p和hsa-let-7d-3p和U6作为候选内参基因被纳入进一步分析。应用geNorm和NormFinder两种软件分别对上述5个候选内参基因稳定性进行计算分析后,两种软件均推荐hsa-miR-193a-5p为最稳定内参基因,hsa-miR-193a-5p和hsa-miR-16-5p的组合为最佳内参基因组合。  3.经再次实时荧光定量PCR验证后表明,hsa-miR-193a-5p、hsa-miR-16-5p及二者的组合(Ct均值)表达水平在3组间均无差异(P>0.05)。分别采用hsa-miR-193a-5p、hsa-miR-16-5p及二者组合作为内参对miR-148b-3p表达水平进行校正后均发现,其在膀胱癌患者组中的表达显著高于健康对照组(P<0.0001)。以hsa-miR-193a-5p与hsa-miR-16-5p的组合作为内参时,miR-148b-3p用于诊断膀胱癌的ROC曲线下面积AUCROC为0.798,以1.0218为cut-off值时,特异度为56.92%,敏感度为89.23%。  结论  1.hsa-miR-193a-5p和hsa-miR-16-5p在膀胱癌患者及健康对照者血清中均稳定表达,采用二者的组合作为实时荧光定量PCR法检测膀胱癌患者血清miRNA的内参基因可使结果更为准确可靠,并使不同实验室之间的检测结果具有可比性,可进一步推动膀胱癌血清miRNA研究的进展。  2.miR-148b-3p在膀胱癌患者血清中表达水平显著升高,作为诊断膀胱癌的血清学肿瘤标志物具有良好的应用潜能。
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