翘嘴鳜Leptin-b基因结构、进化及表达分析

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从本实验室的翘嘴鳜(siniperca chuatsi)转录组数据库中搜索得到Leptin-b基因部分cDNA序列,首先通过NCBI数据库比对初步确定序列的准确性,然后通过PCR、测序获得最终准确的Leptin-b部分核心cDNA序列。根据该序列,分别设计5’和3’RACE引物进行RACE扩增,得到Leptin-b基因5’和3’末端序列,拼接得到Leptin-b的cDNA序列。应用Genome Walker方法获得Leptin-b5’侧翼区序列,然后克隆得到Leptin-b基因内含子序列,拼接得到嘴鳜翘Leptin-b基因组DNA序列。Leptin-b基因的cDNA序列全长为698bp,包括471bp的开放读码框,编码157aa的蛋白质,5’-untranslated region(UTR)长度为130bp,3’-UTR长度为94bp;推导的aa序列含有20个aa残基的信号肽,两个半胱氨酸残基以便用于二硫键的形成。Leptin-b基因5’侧翼区长度为418bp,上游30bp处发现典型的TATA box,此外还存在其他调控元件:CREB(155bp)、AP2(209bp)、AP1(242bp).GATA(286bp).C/EBP(305bp和325bp)。基因结构对比分析表明,翘嘴鳜Leptins(Leptin-a和Leptin_b)基因只含有一个内含子,通过与其他物种Leptin基因结构的比较发现,翘嘴鳜Leptins基因的内含子在基因内所处的位置与其他物种Leptin基因中内含子2所处的位置基本一致,表明在翘嘴鳜进化过程中,Leptins基因很可能丢失了内含子1。蛋白质三级结构预测表明,其蛋白质三维结构与人Lentin蛋白非常保守,两个半胱氨酸残基以便用于二硫键的形成,都具有四个螺旋和中间一段连接肽的结构特征。系统进化树结果表明,虽然在鱼类Leptin簇中也存在多分枝,但哺乳动物Leptin明显同鲤科鱼类Leptin-b聚集成簇,所以鲤科鱼类Leptin_b很可能同哺乳类Leptin是直系同源的,同时,需要更多鱼类物种Letin-b的序列信息来验证。检测翘嘴鳜和草鱼(Ctenopharyngodon idellus)Leptins(Leptin-a和Leptin-b)及其受体(Lepr)基因在各组织中的表达水平,比较肉食性鱼类和草食性鱼类中Leptins的表达模式。翘嘴鳜Leptin-a的主要表达部位是肝脏,在其他组织中只有少量表达;但在草鱼中,Leptin-a在肝脏及脑各组织中的表达量均较高。在翘嘴鳜中,Leptin-b在脑的各个组织中的表达水平均比较高;然而在草鱼中,除了小脑外,其他的脑组织Leptin-b的表达水平都很低。不管是在草鱼还是翘嘴鳜中,Lepr在检测各组织中均有表达。Leptins在翘嘴鳜和草鱼中不同的表达模式说明,在肉食性和草食性鱼类中,不同亚型Leptin的功能可能存在差异。
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