对经济发展水平的研究一直是学术界的热点，对生产率的研究是目前较为普遍的研究方法，生产率理论的发展先后经历了单要素生产理论和全要素生产理论，特别是第二次世界大战以后，对全要素生产率理论的研究日益完善。全要素生产率是衡量经济是否可持续发展的基本理论，面对新疆特殊的生态环境，需要对新疆的工业进行全要素生产率进行测算，掌握新疆工业的发展质量。工业是经济发展的主要力量，工业发展的水平是衡量一个地区经济发展水平的重要指标。由于历史的原因新疆的工业起步比较晚，其工业是在一穷二白的基础上发展而来的，新中国刚刚成立时，新疆几乎不存在大型的工业企业，但是随着中央政府对新疆经济发展的重视，目前新疆的工业已经取得了很大的成就,并为新疆的经济做出了突出贡献，因此对新疆工业全要素生产率的研究更具有现实意义。本文首先对测算全要素生产率的几种方法进行了对比，选取了非参数的DEA-Malmquist的研究方法对新疆规模以上工业企业所属的31个行业的TFP进行了测算，得出的结论有：（1）2005—2011年间，29个行业的总体TFP都是上升的，对TFP排名前三及排名后三的行业进行TFP分解及分析，发现影响TFP增长的因素是技术效率指数的变化，说明新疆工业在生产率方面不存在“追赶效应”。（2）利用区位商将31个工业行业划分为显著优势行业，比较优势行业和劣势行业，发现显著优势行业基本上是都是与新疆的优势资源相关的行业，针对这三种类别的行业进行TFP指标的分解及分析。结果表明显著优势行业与比较优势行业的生产率排名却比较靠后，而与新疆的优势资源无关的行业TFP排名却比较靠前。在以上研究结果的基础之上本文对各行业的TFP变化的原因进行了分析，并针对实证研究结果提出了政策建议。