Decorin是小富含亮氨酸蛋白聚糖(proteoglycan, PG）家族成员之一，由糖胺聚糖（glycosaminoglycan, GAG）链和核心蛋白共价连接而成。Decorin上的GAG是一类以二糖为重复单元的硫酸软骨素（Chondroitin sulfate, CS）和硫酸皮肤素（Dermatan sulfate, DS）杂合的直链酸性多糖。研究表明Decorin参与了许多生理学和病理学过程，而且来源不同的Decorin具有不同的生理活性。随着蛋白组学的快速发展，Decorin核心蛋白序列和空间结构已相对明确，但由于GAG结构极其复杂，因此其序列目前并不清楚。此外GAG属于翻译后修饰产物，其合成无确定的模板，所以不同来源或不同组织中Decorin上GAG链均可能不同。它们可能表现在糖链中硫酸根的位置和数量不同，以及CS/DS的位置和比例不同。也就是说Decorin上的GAG存在着个体及组织差异性。实验室前期工作考察了动物来源的皮肤和软骨中Decorin的抗肿瘤活性，结果表明不同组织来源的Decorin抗肿瘤活性存在明显差异。这进一步表明同样是 Decorin，不同来源导致的不同糖基化可能对 Decorin的生物功能或活性起着至关重要的作用。所以建立GAG序列分析方法，明确其序列对于揭示Decorin在不同组织中的不同的生物学作用显得尤为重要。　　本课题选择猪来源的软骨Decorin为模板，对其GAG链进行详细的序列研究，为解释GAG在不同生物学进程中发挥的重要作用奠定理论基础。首先，对实验室传统的制备工艺进行优化，提高了纯度、回收率，缩短了制备周期。接着，考察了硫酸软骨素AC酶（chondroitinase AC, ChAC）、透明质酸酶（hayluronidase, HAase）和硫酸软骨素B酶（chondroitinase B, ChB）对于Decorin上GAG的酶解特异性。结果显示HAase无法特异性识别和降解Decorin上GAG链，ChAC和ChB能分别特异性酶解Decorin上GAG杂合链中CS和DS片段。糖电泳和亲水相互作用色谱（HILIC）结合高分辨质谱分析表明，软骨来源的Decorin上GAG链以CS为主同时含有少量的DS片段。为了详细分析其序列，该论文使用了Orbitrap Fusion质谱仪，选择高能碰撞解离（high energy collision dissociation, HCD）这种最优的裂解方式对特异性酶解寡糖进行了系统的序列解析。结果显示：　　1.寡糖上的硫酸根在质谱中的源内裂解是不可避免的，然而该论文中确认了二糖单位中不同位置硫酸根源内裂解顺序，2位硫酸根最易脱落，6位硫酸根其次，4位硫酸根最难脱落。　　2.初步建立了一套利用源内裂解和HCD二级质谱准确解析寡糖中硫酸根位置和数量的质谱分析方法。　　3.使用上述方法对酶解寡糖序列进行解析，所得结果在一定程度上解释了Decorin上GAG链生物合成过程中C5差向异构酶和2-O磺酰基转移酶可能的作用规律。即C5差向异构酶更倾向将与GalNAc4S/GalNAc6S相连的GlcA转化为IdoA；2-O磺酰基转移酶更易识别 CS片段中与 GalNAc4S/GalNAc6S相连的 GlcA或靠近DS片段的GlcA，并发生2位硫酸化。　　4.结合酶解寡糖序列分析以及糖链生物合成酶的作用规律，我们初步描绘出了软骨Decorin上GAG链的序列。它是一类以CS为主并随机嵌有少量DS片段的糖链，其中 DS片段以 IdoA-GalNAc4S二糖单位为主， CS片段是 GlcA-GalNAc， GlcA-GalNAc6S，GlcA-GalNAc4S和GlcA2S-GalNAc4S二糖单位为主，并含有少量的GlcA2S-GalNAc二糖单位的复杂结构，且2位硫酸化更多的发生在与DS片段靠近的CS片段上。