基于SSR和AFLP标记的东方百合群体遗传图谱构建及QTL定位

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百合属植物是单子叶植物纲百合科的多年生球根花卉,其在全世界范围内分布约有100种(变种),是植物中基因组最大的类群之一。东方百合(Oriental Hybrid lily)是百合中一个重要的杂种系,不同的百合杂种系群体得到构建,如AA(亚洲系百合×亚洲系百合),AL(亚洲系百合×铁炮百合),OT(东方系百合×喇叭百合)等。在本实验室构建了OO(东方百合×东方百合)作图群体,利用将SSR和AFLP两种分子标记法构建了百合连锁群。其中,利用本实验室开发的495对SSR引物对群体进行检测。试验中最终用于构建连锁图谱的F1群体为100个单株。利用JoinMap4软件的CP模型对获得的分子标记数据进行处理分析,构建了30个遗传连锁群图谱,其中?Sorbonne’(母本)和?Gaudi’(父本)各为12个,F1代为6个。分析观赏和农艺性状后,用MapQTL 4.0软件定位遗传连锁图谱中的QTL。主要的研究结果总结如下:1.试验对940对引物组进行了筛选,筛选出172对合适的引物组合(包括96个个AFLP标记和76个SSR标记引物)用于构建图谱。最终共标记出616个位点,其中AFLP标记出465个位点,SSR标记出151个位点。最终获得616个多态性位点,其中AFLP位点465个,SSR位点151个。为了对标记进行分组,对连锁值(LOD)进行了2到10的梯度设置。在分组后,利用LOD为3.0-5.0构建了连锁图谱。整个图谱的长度为2144.2cM.在遗传图谱中共显示189个标记位点,其中AFLP位点142个,SSR位点47个。2.母系为12个连锁群,全长为851.6cM。父本最小和最大的连锁群的遗传距离分别为2.2cM和55.7cM。父本遗传连锁图谱共有52个标记位点,其中AFLP位点42个,SSR位点10个。在12个连锁群的父本遗传图谱中,连锁群全长为676 cM,标记位51个。结果表明,全长中AFLP标记位点46个,SSR标记位点5个。在母系图谱中的最小连锁群距离为0.1 cM,而最大距离为47.7cM。在F1代的6个连锁群中发现有86完全评估位点。结果还表明,AFLP标记数得分位点为54位点,SSR标记位点有32个。F1代的连锁群总长度为606.6 cM。F1代最小和最大的连锁群的距离分别为0.2 cM和26.8 cM。3.检测到控制重要百合性状的8个QTL位点,每一个QTL位点可解释表型变异的2.4%~89.5%。在LG-F1P2上,LOD LOD的最高值的最高值(35.21)下找到了4个QTL。母系的LG-M10上的两个标记位点间定位到一个有关叶数的QTL,其LOD值为7.08。以E-CGC/M-CGC-4为引物,将花被片长度的QTL定位在F1杂交图谱的LG-F1P2上。花被片宽度的QTL与LN相似,定位在母系的LG-M10上。PW2的QTL在父本的LG-F4。在F1、母本和父本图谱上定位有5个关于斑点数量的QTL,1个长度为51cM关于斑点大小的QTL在母系的LG-M8上,以E-CGC/M-CGC-4为引物在F1的LG-F1P2上定位到株高的QTL,其LOD值为12.54。
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