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用异硫氰酸胍法、CTAB法和Trizol法等三种方法提取飞机草总RNA均取得较好效果,但异硫氰酸胍法最适合本实验使用。根据菊科植物紫茎泽兰P450CYP75基因(AY954290)和拟南芥CYP75家族成员的核酸序列同源区设计引物,用RT-PCR方法首次从飞机草、泽兰、佩兰中获得大小分别为467bp、467bp、470bp的cDNA序列,分别命名为:FJC.CYP.M;ZL.CYP.M;PL.CYP.M。同源性分析表明,3个序列同源性达99%,同时与AY954290具有90%的同源性,说明它们都来自细胞色素CYP75家族。根据FJC.CYP.M核酸序列设计特异性引物,通过RACE-PCR方法克隆飞机草P450基因全长。3’RACE-PCR得到309bp cDNA序列,PolyA尾巴出现,命名为FJC.CYP.3。5’RACE-PCR得到702bp cDNA序列,命名为FJC.CYP.5。经比对发现,它与紫茎泽兰CYP75基因全长还差364bp,因此继续从紫茎泽兰CYP75基因前端设计上游引物,从FJC.CYP.5核酸序列设计下游引物,进行PCR,克隆得到一条长为384bp的cDNA序列,命名为FJC.CYP.5e。把所有飞机草细胞色素p450片段测序结果进行拼接,得到长为1653bp的cDNA序列,命名为FJC.CYP.COM,推导编码509个氨基酸,开放阅读框为31bp-1560bp,出现了3个经典的细胞色素P450氨基酸保守区域,其中一个为F××G×R×C×G,起始密码子ATG前27bp处出现了启动子序列TATAbox。功能预测表明飞机草P450蛋白为一个亲水性稳定蛋白,有内外膜共9个跨膜螺旋,定位于线粒体中。根据泽兰、佩兰中间片段设计引物,进行3’RACE-PCR,分别得到两条长为340bp、625bp的cDNA片段,分别命名为ZL.CYP.3、PL.CYP.3。经比对,初步推测ZL.CYP.3片段基因属于P450家族里某个叶绿体束缚蛋白基因,其具体的功能还有待进一步研究;PL.CYP.3片段属于P450家族的赤霉素控制蛋白基因,初步估计它参与植物激素赤霉素的合成。