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MiniR1-1质粒由R1质粒演变而来，是由6316个碱基组成的双链DNA分子，包括复制起始原点oriR1，repA基因，tap,copA，bla基因并编码ORF1和ORF2的基因。在慢速生长的细胞中MiniR1-1的存在导致D-期细胞的聚集，说明此类细胞的分裂发生延迟。我们发现，MiniR1-1质粒包括8个DnaA-boxes（DnaA结合位点），其中一个DnaA-box与经典的DnaA-box序列完全匹配，并位于oriR1区域，另一个DnaA-box与经典的DnaA-box序列相比有一个碱基的错配，与copA基因相邻，其余的6个DnaA-box均有2个碱基的错配。DnaA-box定点突变实验说明MiniR1-1质粒导致细胞分裂的延迟不是通过降低DnaA的可用量来完成。ORF2的一个位点突变抑制细胞在营养缺陷型培养基中的生长，而在营养丰富的培养基中并不抑制其生长，表明ORF2对于细胞在营养缺陷型培养基中的存活是至关重要的。荧光显微镜分析发现MiniR1-1并不影响染色体分离。这些结果显示，MiniR1-1通过何种途径导致细胞分裂发生延迟仍不十分清楚。