我国一直致力于打击危害社会发展的各种贪污腐败行为。随着中国内地与香港、澳门在政治、经济和文化等方面交流的日益频繁，涉港澳职务犯罪案件也逐年增多。针对反贪腐工作的新形势，内地检察机关与港澳反贪执法机构通过多年的实践和探索，逐步建立起跨境职务犯罪个案协查机制，共同打击跨境职务犯罪、惩治贪污腐败，在刑事司法协助领域呈现出相互影响、相互渗透、相互融合的趋势。但是，由于三地分属不同的法系，三个法域之间在法律传统、司法体系和法律运作程序等方面均存在较大差异，在开展司法合作中难免产生一些摩擦和碰撞。因此，改进和完善职务犯罪个案协查机制、在不同的法域间开展区际刑事司法合作已成为一项现实的课题。为此，本文选取在开展这项工作方面最具典范意义的南方某省检察院（以下简称G省检察院）为对象，对该院二十五年来的涉港澳职务犯罪个案协查工作进行调查。从调查情况来看，G省检察院涉港澳职务犯罪个案协查工作主要经历了探索、发展和深化三个阶段，并设置了专门的涉港澳案件协查职能部门，在协助调查取证、追捕逃犯、追缴赃款以及证人出庭等方面取得了一定成效。但是，目前内地与港澳地区尚未签署正式的司法协助协议，导致查询金融资料、追缴赃款、追捕逃犯等难点始终无法上升到法律层面加以有效解决。此外，三地刑事法律制度差异大和协助不对等等因素也影响着涉港澳职务犯罪个案协查工作的有效开展。通过对调查结果进行分析，笔者认为应尽快签订调查取证、移交逃犯、追缴赃款等分项区际刑事司法协助协议，再以这些分项协议所获得的合作经验为基础，逐步制定其它刑事司法合作协议。同时，建立跨境立案机制和开展远程视频取证，拓展职务犯罪个案协查合作空间，将单一的、被动的协查发展为互动的、双向的情报交换、联合调查及共同打击合作关系，全面提升与港澳执法机构的合作层次。相信本文对于今后内地检察机关开展涉港澳职务犯罪协查工作以及未来中国内地与香港、澳门签订区际司法协助协议具有一定的参考和借鉴作用。