基于序列CGR图形的小波多重分形分析及应用

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统计方法作为一种强大的数据处理手段,在基因组序列分析中越来越受到重视。Jeffrey提出的基于迭代函数的DNA序列CGR(ichaos-gamerepresentation)图形表示方法,将序列中一定长度字的分布规律表现为图形的分形特征,进而通过分形分析就可获取序列的分布规律,成为基因组序列分析的一种统计方法。小波方法具有多尺度分析的特点和鲁棒性,并且与序列是否存在周期无关,用小波分析多重分形可以得到比以往更为精确的分形特征描述。本文提出了一种基于二维小波极大模的多重分形分析方法,并用于基因组序列CGR图形的多重分形分析。通过本文的小波多重分形分析方法获得的多重分形谱图和广义Hurst指数,是描述基因组序列特征的有效参数。实验数据表明,对于15种生物的基因组片断,其中外显子序列的各项参数均和内含子、基因空白区等其他特征序列有显著差异。因此本文认为外显子序列分形结构比较单一,其而其他序列的多重分形现象更为显著。并且外显子序列也有着特殊的长程相关特性。
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