野生动物的盗猎，走私，非法获取、拥有与利用等违法犯罪行为是全球生物多样性的重要威胁因素。物种鉴定是野生动物保护执法的重要环节。以mtDNA为遗传标记的物种鉴定技术为全球所广泛采用。但是，物种鉴定中所采用的计算方法主要是将待测样品的序列与目标物种进行同源性比较，或者通过系统发育树的拓扑结构来得出结论。因为这些方法均不能对结论的风险或可靠性做出定量评估，更不能提供物种认定与排除的统计学依据，对于近缘物种往往难以做出可靠的结论。　　本研究建立了一种基于似然法的物种鉴定方法。以锦蛇属（Elaphe）6个物种的Cyt b基因片段（400bp）构建物种参照序列库，包括王锦蛇（E. carinata, n=52）、白条锦蛇（E. dione, n=15）、日本四线锦蛇（E. quadrivirgata, n=40）、四线锦蛇（E. quatuorlineata, n=43）、班氏锦蛇（E. bairdi, n=22）、棕黑锦蛇（E. schrenckii, n=18）；分别统计每个物种43bp和75bp片段上各个碱基的频率；基于该频率，计算给定同种和异种个体属于某一物种的概率。将同种和异种所属概率数据进行-lg转换后，构建正态概率密度函数。根据该密度函数估计任意给定个体属于或不属于某一物种的概率。同时也根据概率分布，做同种和异种99%水平的置信区间估计，作为物种认定与排除的标准。结果显示，在锦蛇属的6个物种，43bp和75bp两个片段中，同种和异种的概率分布均有极为明显的分异，可以完成所有物种的准确区分与鉴定。这一方法充分考虑碱基的权重，通过群体数据来描述物种的特征，展现出物种特征性碱基的重要性；能够明确给出鉴定结论的可靠性或风险，更加符合法医鉴定的结论要求；因为在 Cyt b基因序列上75bp就可以得到较高可靠性，允许测序片段更小，对检材质量要求更加宽泛。