自2006年全国科技大会上提出建设创新型国家的战略方针后,党中央已将自主创新与经济发展的关系提高到了战略高度。我国已采取多种激励政策来促进企业自主创新,但目前的激励政策在针对不同行业时没能充分考虑行业特殊性,制约着企业创新能力的提升,尤其是政府没有发挥到应有的作用。基于这一背景,从不同行业研究对比国家的激励政策,对我国各行业自主创新提供更好的发展平台。在对自主创新、激励政策、行业选取及划分标准等相关概念进行界定的基础上,分别从经济学、管理学及财务学的角度介绍了企业自主创新激励政策的理论基础,指出对各行业自主创新激励政策进行比较分析的理论依据,使得对各行业自主创新激励政策的比较分析具有说服力。在奠定了理论基础后,从我国现阶段自主创新激励政策在各行业运行的现状入手,找出存在的问题,并进行定性比较分析,找出存在的相似性及差异性,并剖析存在差异的成因。进而运用层次分析法(AHP)和相关分析法(Correlation analysis),选取政府资金投入、知识产权保护及薪酬激励这三个激励因子对采矿、电力及软件行业自主创新能力进行相关分析,利用定量的实证分析来验证定性分析的合理性。实证结果与理论分析基本一致,表明自主创新激励政策的实施对提升行业自主创新能力具有积极作用,指出了不同激励政策对各行业的影响程度。在理论与实证分析相结合的基础上,通过定性比较分析与定量实证分析的对比,针对各行业企业自主创新激励政策存在的缺陷,并在充分考虑不同行业的特殊性的基础上,分别从外部激励政策和内部激励政策两方面对完善行业自主激励政策提出相应的对策建议。为促进社会经济的总体进步以及不同行业的均衡发展,指出了促进各行业自主创新激励政策平衡发展的措施。