传统的真菌分类以形态结构特征（尤其是有性阶段特征）为主、生理生化、细胞化学和生态等特征为辅。但由于形态多型性、趋同进化、共有衍征丢失等多方面的问题，依据形态分属及分种常常出现与自然系统演化关系不一致甚至有很大偏差的现象。分子系统学的迅速发展，使得全面建立真菌单系属以及可靠的种间区分成为可能。本论文选择重要的，与工农业生产、人类健康、生态维持密切相关的叶点霉属（Phyllosticta）和裸囊菌属（Gymnoascus）为研究对象，用多相分类学的研究方法，建立科学、稳定、自然的属种概念和属种分类体系。　　叶点霉属是重要植物病原真菌类群，许多物种能够引起多种植物叶斑病和浆果腐烂病，寄主范围广泛，包括许多重要的经济作物和观赏性植物。裸囊菌属真菌则主要分离自土壤，粪便，植物残骸，偶尔发现于动物蹄脚，尾巴，羽毛及人毛发上，某些种类具有一定的致病性。随着现代分类学的不断进展，分类系统逐渐趋于自然，并且与物种进化、系统发育关系逐渐对应;系统演化种的种概念及其物种识别方法在分类鉴定中日趋广泛的应用亦使复合种下隐含种的区分逐步成为可能。因此，叶点霉属和裸囊菌属的分类系统亦需不断完善。为解决叶点霉属和裸囊菌属分类系统中存在的问题，本研究从如下几个方面展开:　　对于叶点霉真菌，本课题在模式标本及模式菌株的基础上，广泛搜集标本菌株，进行形态学比较研究，通过多基因(ITS、ACT、TEF1、GAPDH)联合分析推测系统发育关系，表型与基因型相结合，探讨叶点霉真菌的系统分类，构建了该属的系统发育骨架树，进一步完善了该属的属概念和系统演化关系，种间关系得到了清晰划分。另外，通过从国内外采集的标本中分离和菌株交换等渠道共获得叶点霉真菌菌株64株，通过形态学结合病害特征，寄主及分子系统学研究鉴定为13个物种其中包括六个新种，分别命名为P.aucubae-japonicae N.Zhou&L.Cai,P.carochlae N.Zhou&L.Cai，P.ilicigena N.Zhou&L.Cai,P.partricuspidatae N.Zhou&L.Cai,P.schimicola N.Zhou&L.Cai，及P.vitis-rotundifoliae N.Zhou&L.Cai，其中P.partricuspidatae与P.vitis-rotundifoliae是复合种P.ampelicida下的两个隐含种。最后，本研究通过对P.elongata的可靠序列与G.vaccinii的模式序列相比较，最终证实了两者间的有性、无性关系。　　对于裸囊菌属真菌，本研究从青海茶卡盐湖淤泥，堆肥及土壤中获得裸囊菌属真菌16株，同时引入模式菌株8株共同分析。通过形态特征与现代分子学手段(ITS，LSU，SSU)相结合的方法，描述了三个裸囊菌属真菌新种，分别命名为G.halophilus N.Zhou&L.Cai,G.stercorarius N.Zhou&L.Cai,G.thermotolerans N.Zhou&L.Cai，并补充更新了该属物种鉴定的二歧分类检索表。本研究还根据该属真菌分离环境的特殊性，对三个新种进行生理特性分析，发现G.halophilus为专性嗜盐菌，而G.stercorarius和G.thermotolerans则既是耐盐菌又是耐热菌。