近年来我国东南沿海地区港口、核电站、物资储备基地等国家重要基础设施得到国家的大量投入建设。由于东南沿海地区在每年夏天季风期均会遭遇台风,这将对沿海防浪设施构成威胁;另外随着我国城市化进程的发展,城市人口剧增,城市输水隧道调水工程也相应得到迅速发展,保证城市输水工程运营安全对社会稳定具有重要的意义。针对以往流体-结构-土体系统分析时未考虑流-固动态耦合以及由于计算机资源限制造成对计算模型过渡简化的问题。本文基于超级计算机并面向海岸工程和隧道工程问题,提出波浪冲击问题、水锤冲击问题和输水隧道抗震问题涉及的流体-结构-土体动力耦合系统数值建模和计算方法,同时针对该三种问题分别提出数值造波方法、水锤模拟方法和土层Rayleigh阻尼参数校定方法,并展开波浪冲击防浪堤、关阀水锤和含水隧道地震三种不同形式的流体-结构-土体动力耦合问题工程应用分析,具体内容包括:研究了防浪堤波浪冲击问题、输水隧道水锤冲击问题和输水隧道抗震问题中流体-结构-土体动力耦合系统的数值建模和计算方法:采用ALE(Arbitrary Lagrange Euler)法和拉格朗日法分别描述流体域和固体域网格,并通过罚函数法建立流体-结构耦合。采用基于分段搜索的面-面对称双向耦合接触算法建立结构-土体耦合。针对衬砌隧道拼装结构,并引入正交各向异性材料来模拟衬砌隧道真实材料特性,采用混合建模方法实现整体结果和局部精细结果同时计算。针对弹塑性土层地震传递特性,控制了“低通效应”造成的能量损失以及人工截断边界造成的误差。最后设计并通过波浪-局部直段防浪堤-土体耦合模型证实了一种具有较高计算效率的分区方法。研究了波浪-防浪堤结构-土体耦合系统的建模理论和数值造波计算方法,并应用于沿海某核电站一期工程防浪堤的加高加固设计。建立流体-堆石-护面结构-挡浪墙结构-填土三维精细有限元模型。首先通过物理模型试验验证建模方法和计算参数的正确性,然后计算了防浪堤前后挡浪墙受波浪和漂浮物冲击下的动态响应。研究了内水-隧道结构-土体耦合系统的建模理论和水锤模拟方法,并应用于上海青草沙输水隧道关阀水锤设计。建立了流体模型,隧道-工作井-变形缝模型,土体分层模型,并通过流-固耦合方法和动态接触方法建立耦合系统三维有限元模型。数值模拟了输水隧道运营工况和水锤工况,并分析了混合模型下衬砌环水锤冲击响应。研究了内水-隧道结构-土体耦合系统的建模理论和土层Rayleigh阻尼参数校定方法,并应用于上海青草沙输水隧道抗震设计。建立了流体-隧道结构-土层的三维有限元模型。分析了一致激励下输水隧道衬砌结构位移、弯矩、应力响应结果以及衬砌环中环缝张开量、螺栓应力、管片应力、直径变形量响应结果。