马铃薯Y病毒极端抗性基因Rychc的精细定位

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研究基础研究表明,Rychc是显性单基因,对PVY具有极端抗性。将抗病母本S.chacoense(40-3)与感病父本S.berthaultii(143-6)杂交,构建了 PVY抗性的分离群体(F1),后代单株的抗感分离比为1:1。本课题前期已筛选到8个紧密连锁的SNP标记将Rychc基因定位在马铃薯9号染色体末端2 Mb区段内,并在该区段内筛选到3个紧密连锁的基因标记,分别是M32,M152和M236。本研究在此基础上展开,主要研究结果如下:Rychc基因的初定位基于M32,M152和M236筛选到的重组子及其表型,将Rychc基因初步定位于SNP标记solcapsnpc248042和基因标记M32之间,基于马铃薯测序种DM1-3数据库V4.03,该区段大小834 kb,可能存在110个基因。Rychc基因与左端最近的连锁标记S48042间有一个交换单株A128,与右端最近的连锁标记M32之间具有3个重组子,分别是A99,A108和A109单株。Rychc基因左端标记开发为了验证初定位左端标记S48042的可靠性,以及筛选更多的重组子,均需要在Rychc基因左端开发基于PCR扩增的连锁标记。在Rychc基因左端设计的17对基因标记中,筛选到一个PCR扩增的基因标记M4,与PVY抗性紧密连锁,被检测142个初定位群体中,只有一个交换单株A128,验证了初定位左端标记S48042的可靠性。筛选出更多的重组子并鉴定其表型用左端标记M4和右端标记M32筛选更多的单株,从1078份材料中,筛选到12个重组单株,重组单株的比率为1.38%。采用病毒接种鉴定其PVY抗性,ELISA检测结果表明,12个重组单株中有10个为感病植株,2个为抗病植株。Rychc基因的精细定位首先在初定位区段内继续开发特异性标记,在M4和M32之间设计了 110对基因标记,从中筛选出8对基因标记与PVY抗性紧密连锁。进一步用连锁标记扩增初定位群体的142个单株和12个重组子单株,结合交换单株的表型与染色体交换位置,将Rychc基因定位于基因标记M2526-2和M48-6之间,将定位区段从834 kb缩小至120 kb。精细定位区段序列的生物信息学预测在精细定位区段的120 kb内,依据DM1-3序列预测可能有22个基因,其中有6个基因具有R基因的典型结构域,并且成簇排列。
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