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脆性X综合征（fragile X syndrome, FXS）是一种发病率仅次于唐氏综合征的智力低下疾病,其致病基因FMR1（fragile X mental retardation 1 gene）位于染色体X27.3,由17个外显子和16个内含子组成,横跨38kb。已证实FMR1基因存在多种剪接方式,主要涉及12、14、15、17四个外显子,且不同组织中剪接形式并不一致,各种剪接异构体（splice isoform）的具体功能还不明确。由于FXS的发病率较高,临床表现也复杂多样,故分析FMR1基因可变剪接表达的时间及空间特性是研究FMRP蛋白功能和FXS的发病机制新的出发点。本科室之前在一名疑似FXS病人的FMR1基因中发现一个46bp大小的新型隐匿外显子（cryptic exon）,介于外显子9和外显子10之间,为内含子9中的一个小片段。为研究此隐匿外显子是否也存在于其它物种中,我们利用生物信息学软件对其它物种的FMR1基因进行分析。结果显示:在猕猴、黑猩猩、苏门达腊猩猩的同源基因中具有相似的基因序列,但其所在位置有所不同,而小鼠及大鼠基因组则无相似的同源序列。同时对人FMR1基因可能的剪接变异体进行预测。在此基础上,依据新型隐匿外显子的特点,采用半巢式PCR技术,从RNA水平上对27份正常人cDNA样本和5种人cDNA文库进行此新型隐匿外显子的检测,结果显示:27份正常人cDNA样本和5种人cDNA文库均存在此新型隐匿外显子序列。本研究利用hybrid minigene splicing assay,从细胞水平上分析疑似FXS病人和一份正常人外周血FMR1基因的新型隐匿外显子表达情况。运用PCR技术扩增FMR1基因内含子9全长及其相邻的外显子9和外显子10部分序列,将其插入到pcDNATM3.1/Hygro（+）载体中,并瞬时转染HeLa细胞,48h后提取HeLa细胞总RNA,采用RT-PCR技术,分析此新型可变剪接产物表达与否。结果显示:病人与正常人样本所构建的重组载体中插入片段测序结果与GenBank中FMR1基因的基因序列一致,但病人样本所构建的重组载体插入片段测序结果中有三个位点的碱基发生改变:21452位碱基C→T,21513位碱基C→T,23784位碱基T→C改变,其中前两位碱基位点为多态性位点,而23784位碱基T→C改变,从生物信息学软件分析结果来看,可能为一个ISE,从而导致此46bp序列在剪接过程中被保留下来,而正常人样本所构建的重组载体插入片段测序结果中也有两个位点的碱基改变,即:21452位碱基C→T,21513位碱基C→T。尽管如此,半巢式PCR及其产物的序列测定显示,病人和正常人来源的重组载体在HeLa细胞的转录产物中均检测到该隐匿外显子。本研究证明在人FMR1基因内含子9中存在一个新的隐匿可变剪接外显子,为研究FMR1基因可变剪接与FXS之间的关系奠定了基础。