耕地是最重要的农业生产资料，而基本农田又是耕地的精华。保护基本农田，实质上是保护国家粮食安全和国民经济的基础。保护农地除了具有保护农业生产能力外还具有十分重要的社会意义，那就是保护农民权益和保证社会稳定。在城市化进程中，基本农田数量不断减少，其中基本农田保护补偿机制缺失是我国基本农田保护问题的重要原因。为此，要解决我国基本农田保护问题，必须构建完善的基本农田保护补偿机制。本文主要包括以下几方面的内容:
　　首先，介绍相关基本概念和理论基础，提出研究假设并从农地发展权的视角分析基本农田保护补偿。基本农田保护补偿可分为三类:属基本农田保护区内的农民失去了追求这块土地级差收益的权利，也就是基本农田的发展权;属城市规划区内的基本农田因实现农地用途的非农化而带来的增值收益，在其所属的农村集体经济组织和基本农田保护者应参与分配;基本农田的易地代保和基本农田保护指标调剂而获得的补偿。针对基本农田保护补偿主体包括补偿给付主体和补偿接受主体两种。补偿客体是补偿主体与对象间权利义务共同指向的对象，即基本农田。补偿方式包括补偿手段和补偿途径。基本农田保护补偿以货币补偿为主，其它补偿为辅。建立一套科学、有效的基本农田保护的补偿机制，关键问题在于如何明确补偿标准及其分配方案。基本农田保护补偿的标准是指在一定社会经济条件和社会公平观念下，对基本农田保护补偿支付的依据。
　　其次，对江西省新建县的实证研究，考察基本农田保护补偿的现状，以及农户对补偿的认知意愿和政策评价等。调查结果发现农民在农地征收补偿过程中始终属于弱势群体。基本农田的产出效益低，耕种基本农田的经济效益影响了农户参与基本农田保护的积极性，同时征地补偿标准较低，补偿不合理引发被征地农户的不满。从当前的基本农用保护政策的现状及评价调查中发现，当前我国有对基本农田保护的措施，比如粮食直补和基本农田保护基金等，但基层的执行力度不强并且缺乏有效的监督，容易滋生腐败问题，侵害农民利益，造成被征地农户的经济损失。从征地意愿的调查情况来看，大部分认为当前征地补偿过低并表示不愿意基本农用被征收。此外，通过有关分析得知影响农户征地的意愿因素包括非农收入、距离市区距离、家庭农业人口、补偿金额、补偿政策等。
　　第三，总结我国基本农田保护补偿存在的问题，比如农村土地产权残缺，基本农田保护补偿资金来源不稳定，基本农田保护补偿机制不健全，征地补偿不合理，安置方式简单化和基本农田占补不平衡等。并结合成都市耕地保护基金，顺德市征地补偿费股权化，浙江省的“基本农田易地有偿代保”三个试点作进一步的分析探讨。第四，就基本农田保护区内保护补偿、城市规划区内基本农田被征收的补偿以及跨区域补偿这三种情况分别进行深入探讨，明确其中的补偿主体与客体，补偿方式和补偿标准。
　　最后，构建了相应的基本农田保护补偿的机制:构建区内和区际补偿一体化的基本农田保护动态补偿机制，进一步巩固和落实农户承包经营权的主体地位和物权属性，构建城市规划区——农地发展权——征地空间范围调控机制，将外部性效益纳入到基本农田非农化成本核算体系，补偿方式的多元化和补偿标准的合理化，建立和完善基本农田保护补偿资金融资体系和法律保障体系等。