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柑橘是世界上最重要的果树种类之一,其产量位居水果之首,具有重要的经济地位。分别由柑橘球座菌(Guignardia citricarpa Kiely)和交链格孢菌[Alternaria alternata (Fr.) Keissle]引起的柑橘黑斑病和柑橘褐斑病是引起柑橘果实病变的重要病害,主要在柑橘果实上形成黑色或褐色病斑,严重时病斑布满整个果面,导致果实脱落,造成大量减产。本研究对从四川、广西、福建、重庆、巴西等地采集柑橘黑斑病和柑橘褐斑病疑似样品进行分离鉴定,并对获得的阳性样品进行序列分析,结果发现：1、从48个柑橘黑斑病疑似样品中分离得到14株柑橘黑斑病菌株。(1)根据菌落在PDA培养基上的形态特征,将分离得到的菌落归为四类。采用分生孢子悬浮液进行接种试验,只有琯溪蜜柚在接种两个月后表现出症状。对接种后的植株进行PCR检测,结果表明只有在琯溪蜜柚上检测出柑橘黑斑病菌的存在。(2)以核糖体DNA内转录间隔区(rDNA-ITS)为靶标采用真菌通用引物ITS1/ITS4进行PCR扩增,得到610 bp大小的片段,其灵敏度为0.1 ng。经BLAST比对后,与柑橘黑斑病的同源性达99%,由此明确分离得到的菌株为柑橘黑斑病菌。将获得的14株菌株的rDNA-ITS序列构建进化树,发现柑橘黑斑病菌的种内遗传多样性较为丰富(3)对柑橘上常见的真菌性病害柑橘脂点黄斑病、柑橘炭疽病、柑橘黑斑病的ITS序列进行多重同源性比较,设计了柑橘黑斑病的特异性引物RT-1/RT-2,其靶标带为210 bp。利用L9(34)正交法优化了PCR反应参数。用梯度PCR优化退火温度,明确最佳退火温度为54.7℃。该特异性引物RT-1/RT-2的灵敏度为0.1 pg。该检测体系为柑橘黑斑病的检测提供了一种快速、方便、灵敏的检测手段,为柑橘黑斑病的防控提供了基础。2、从8个柑橘褐斑病样品分离得到4株柑橘褐斑病菌株分离得到的病菌在PDA培养基上的菌落灰色,气生菌丝发达,分隔,多分枝。分生孢子梗单生或数根簇生,直立或顶端微弯曲,有分隔,但不分枝,色泽从基部到顶部由深褐色渐变淡褐色。采用引物PG2/PG3对病菌的多聚半乳糖醛酸酶基因序列进行扩增,得到481 bp的片段,经BLAST比对后,与引起柑橘褐斑病的交链格孢菌[A.alternata (Fr.) Keissle]同源性为99%,结合病菌在培养基上的形态判断引起柑橘褐斑病害的病原为交链格孢菌。