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猪流行性腹泻(Porcine epidemic diarrhea, PED)和猪传染性胃肠炎(Transmissible gastroenteriris of swine, TGE)分别由同属于冠状病毒科冠状病毒属的猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)和猪传染性胃肠炎病毒(Transmissible gastroenteritis virus of swine, TGEV)引起的以腹泻、呕吐、脱水为特征,严重危害哺乳仔猪的两种高度接触性肠道传染病。四川地区从2011年10月份开始,在全省范围内爆发以仔猪水样腹泻,死亡率极高为特征的腹泻疫情,给我省带来了严重的经济损失。此次疫情中进行了PEDV-TGEV二联疫苗免疫的猪场也并无幸免。为了明确此次腹泻疫情中的主要病毒病原分布情况、感染情况以及PEDV在此次腹泻疫情中的变异情况,特开展本研究。本试验样本采集于2011年10月至2012年4月、2012年10月至2013年4月两个时间段,包括四川省资阳、广元、攀枝花、成都等10个区域进行腹泻样品采集工作,覆盖了四川东部、西部、中部地区的大部分养猪区域。共收集腹泻仔猪的粪便样品和小肠组织样品412份,利用实验室所建立的PEDV和TGEV RT-PCR检测方法进行分子流行病学调查。调查结果显示,2011年10月至2012年4月时间段的186份病料中检测出猪流行性腹泻病毒阳性82份、阳性率为44.09%,猪传染性胃肠炎病毒阳性15份、阳性率为8.06%,猪流行性腹泻和猪传染性胃肠炎病毒混合感染7份、混合感染阳性率为3.76%；2012年10月至2013年4月时间段的226份腹泻病料进行RT-PCR检测,其中检测出猪流行性腹泻病毒阳性118份、阳性率为52.12%,猪传染性胃肠炎病毒阳性37份、阳性率为16.37%,猪流行性腹泻和猪传染性胃肠炎病毒混合感染12份、混合感染阳性率5.31%。结果表明,在四川省范围内发生的猪腹泻疫情中PEDV为主要病毒病原,并发或者继发感染TGEV。从PEDV检测获得的阳性病料中扩增得到15株PEDV部分S基因序列,分别连接到pM19-T载体,进行克隆测序。测序结果显示,获得的部分S基因核苷酸长度为651bp,编码217个氨基酸。将获得的部分S基因序列与NCBI上下载的15条PEDV的S基因全基因序列进行遗传演化分析,本文研究表明四川地区获得的阳性PEDV毒株属于同一分支,与国内湖南、甘肃等地区最近几年流行的毒株亲缘关系较近,与韩国毒株亲缘关系较近,与黑龙江、江苏、河南等地区流行的毒株亲缘关系较远,与传统使用的疫苗株CV777亲缘关系较远。15株阳性PEDV毒株部分S基因的氨基酸同源性分析,四川地区克隆得到的15株阳性PEDV毒株之间的亲缘关系出现地域性差异,同一区域内相似性较高,不同地区间差异性较大。与疫苗株(CV777)比较,氨基酸相似度仅为84.4%～88.3%。通过此次流行病学调查,我们确定了四川地区这两个时间段发生的腹泻疫情以PEDV为主要病毒病原,并发或者继发感染TGEV。通过部分S基因氨基酸遗传变异分析,我们确定了此次四川地区流行的PEDV毒株和国内湖南、甘肃等地区最近几年流行的毒株亲缘关系较近,与韩国毒株亲缘关系较近,与黑龙江、江苏、河南等地区流行的毒株亲缘关系较远,与传统使用的疫苗株CV777亲缘关系较远,而且与疫苗毒株CV777氨基酸同源性较低。