新型农村合作医疗制度是由政府组织、引导和支持，个人、集体和政府多方筹资，农民自愿参加的以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。作为农村社会保障体系重要内容之一，它的建立，对于保障农民健康、缩小城乡差距、构建社会正义和谐社会具有深远的意义。中共中央及国务院自2003年开始倡导新型农村合作医疗制度，在近几年农村进行的试点中取得了可喜的成绩。新型农村合作医疗试点已经取得了阶段性的成就，目前探讨影响农村合作医疗制度可持续发展的因素具有十分重要的现实意义。临安市新型农村合作医疗保障制度总体上已经建立起来，对保障农民的基本生活权益和社会稳定起到了一定作用，农民就医面临的严峻形势得到了一定程度的缓解，绝大多数的农民都能够做到有病就医，他们的健康意识与自我保健意识显著提高。但笔者在调研的过程中,也发现了临安市新农合在运作中暴露出来的诸多制度和运行中的问题：农村卫生投入不足，资源配置不合理；宣传质量不高，农民对合作医疗的理解模糊；筹资水平不高与农民期望高回报的矛盾；药费用增长过快；理机构权责不明晰，出现互相推诿的现象；监管机制不健全，私利膨胀的现象反复出现。针对这些问题,文章提出了解决问题的对策建议以促进合作医疗制度的可持续发展。