随着基因数据库中的生物序列不断增多以及测序手段的不断完善,越来越多的国内外学者着力于生物序列比对进行研究。分析不同物种蛋白质对蛋白质结构具有更好的可视性,对于药物抗癌研究起到很大的作用,其中,蛋白质序列的相似性比较成为蛋白质研究领域中重要任务之一,它可以帮助我们预测和分析蛋白质的结构和功能。为使蛋白质序列相似性比较更加准确有效,做出了新的方法的改进,具体研究工作如下:1.本文采用NCBI数据库中的9个物种的线粒体NADH脱氢酶(ND5)序列作为测试序列,对其相应的氨基酸的10个属性:亲疏水性、酸度系数、碱度系数、等电点、残基重量、氨基酸侧链容量、极性值、极化值、容积可接触表面积、侧链净电荷指数十个属性数据进行数据标准化。2.利用离散小波变换(DWT)对含有生物信息的数字信号进行多元分解,基于小波分解,采用Higuchi算法对ND5序列蛋白质一级结构的分形特征进行了研究。通过分析和计算,得到不同蛋白质之间的距离矩阵运用已有的聚类方法进行聚类,得到良好的分析结果。3.在数据标准化后的多种氨基酸性质的蛋白质序列分析的基础上,结合离散小波与分形维数在蛋白质序列相似性分析中的作用与优势,将其方法应用到其他蛋白序列中,体现了此方法的应用的实效性。验证方法的实效性后,通过比较运用不同聚类方法,结合不同的距离计算方法,从而选取合适的聚类方法,获得了更精确更全面的系统发育树和蛋白质序列相似性分析结果。综上所述,本文实现了运用蛋白质多种属性,及DWT和分形维数相结合的方法,研究蛋白质序列相似性比对,采取不同的聚类方法,得出的模型较现有的模型更加准确全面,验证了本文方法的可靠性。