TBL1XR1基因在浆液性卵巢癌中的拷贝数扩增分析及其机制探讨

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目的:  卵巢癌是常见的女性恶性肿瘤,通常在晚期被发现,死亡率很高。本研究的目的是通过TCGA(The Cancer Genome Atlas)等公共数据库的数据挖掘数据,研究TBL1XR1基因在浆液性卵巢癌中的拷贝数变异(CNV)情况,探讨TBL1XR1 参与卵巢癌发生发展的可能机制及其预后。  方法:  从癌症基因组图谱(TCGA)等数据库收集卵巢癌数据及其临床资料,研究TBL1XR1 基因拷贝数扩增患者的临床病理特征,利用 TCGA 数据库 CNV、RNA Seq V2 和蛋白表达RPPA 数据分析TBL1XR1 的拷贝数扩增与其 mRNA和蛋白的表达水平的相关性。研究TBL1XR1 基因拷贝数变异对CDK1、PTEN、EIF4G1、CCNB1、AR、TIGAR表达的影响。通过比对 TCGA 数据库及GTEx数据库研究TBL1XR1 基因在肿瘤和正常组织中表达的差异,研究TBL1XR1基因表达与临床分期的关系,TBL1XR1 基因拷贝数扩增与卵巢癌患者预后的相关性,对 TBL1XR1 和其相关共表达蛋白进行基因集富集分析。  结果:  本研究通过 TCGA 数据库28.7%例样本的 TBL1XR1 基因拷贝数发生扩增。TBL1XR1 基因拷贝数的扩增与mRNA表达呈明显正相关,与蛋白表达也呈正相关。TBL1XR1 基因拷贝数变异组中CDK1、PTEN、EIF4G1、CCNB1 mRNA与蛋白表达水平明显升高。AR、TIGAR mRNA与蛋白表达水平明显降低。通过比对 TCGA 数据库426例肿瘤样本及GTEx数据库88例正常样本比较TBL1XR1 基因在肿瘤和正常组织中表达的差异,发现TBL1XR1 基因在OV肿瘤组织中表达显著高于正常组织。TBL1XR1 基因在临床分期II期与III期中表达具有显著差异。TBL1XR1 基因拷贝数扩增水平与总生存率(OS)显著相关,携带 TBL1XR1 基因拷贝数扩增的卵巢癌患者与不携带该基因拷贝数变异的卵巢癌患者相比,预后显著较好。另外TBL1XR1 基因拷贝数扩增患者的无瘤生存期显著长于不携带该基因拷贝数变异的患者。TBL1XR1 基因表达水平与总生存率(OS)及无病生存率(PFS)显著相关,TBL1XR1 基因高表达的卵巢癌患者与低表达患者相比,预后显著较差。通过结合蛋白表达 RPPA 数据分析发现,TBL1XR1 基因拷贝数扩增和表达水平升高与一些基因的蛋白表达水平存在显著的关联。通过对包括 TBL1XR1相关表达蛋白 KEGG 功能富集分析发现,这些共表达蛋白的功能主要集中于一些RNA转运调节及干细胞多能性的信号通路。  结论:  TBL1XR1 基因拷贝数扩增在高级别浆液性卵巢癌中是一种预后较差因素,通过不同信号通路在肿瘤进展中发挥重要作用,可作为判断预后的标记物。
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