罗非鱼是国际粮农组织向全世界推荐的三大养殖鱼类之一,目前已在全世界范围内推广开来,其中尼罗罗非鱼是养殖最为广泛的一个品种。尼罗罗非鱼雄鱼的生长速度比雌鱼大约快40%,因此通过性别控制技术生产全雄鱼将显著性提高群体产量,降低饵料系数。全雄罗非鱼培育技术和性别特异性分子标记技术相结合将明显提高全雄罗非鱼的育种效率。本研究中利用AFLP分子标记技术对尼罗罗非鱼的XX基因型雌鱼、XY基因型雄鱼和YY基因型超雄鱼的基因组DNA进行筛选,最终获得8条与尼罗罗非鱼X染色体相关的AFLP条带,并将其中的一个条带转化为X染色体的SCAR标记。在本实验中,采用PstⅠ和MseⅠ的酶切组合对XX、XY和YY基因型尼罗罗非鱼基因组DNA双酶切,再进行酶切接头的连接、预扩增和选择性扩增。通过对256对选择性扩增引物的筛选,在其中8对引物(P2M2、P2M11、P5M14、P6M5、 P11M5、P14M16、P15M8和P15M13)的扩增结果中发现X染色体特异性条带,并根据选择性扩增引物对这8个条带进行命名。随后对这8个条带进行克隆、测序,并根据其测序结果进行基因组步移,成功获得4个条带(P2M2、P11M5、P15M8和P15M13)的侧翼序列。为了验证这4个片段及其侧翼序列在X和Y染色体上的序列差异,分别在XX和YY基因型的尼罗罗非鱼中扩增这4个片段及其侧翼的部分序列。通过测序结果的比对,仅在P15M8的特异性片段中发现一个X和Y染色体之间的多态位点(C/T)。X染色体特异性片段P15M8及其侧翼序列在NCBI中进行Blast分析没有发现其同源序列,我们认为这可能是某个未知基因的片段。根据这个多态位点设计一对SCAR引物NTX,分别在32个XX、XY和YY基因型的尼罗罗非鱼中进行验证,结果显示XX和XY基因型个体中都扩增得到一条109bp的条带,而YY基因型中仅有一个个体扩增到这一条带。因此认为,引物NTX可以为尼罗罗非鱼超雄鱼PCR鉴定方法的建立提供一些的参考,加快全雄尼罗罗非鱼的育种进程。垂体腺苷酸环化酶激活多肽(Pituitary adenylate cyclase-activating peptide, PACAP)是胰高血糖素家族的一员,能够促进生长激素、促性腺激素和催乳素的分泌,影响大脑发育和繁殖。本研究利用RT-PCR和RACE方法成功分离尼罗罗非鱼的PACAP基因,该基因cDNA全长为1013bp,最大开放阅读框528bp,编码175个氨基酸。通过PCR-SSCP方法对尼罗罗非鱼PACAP基因的CDS区域进行SNPs检测,在引物P2的SSCP图谱中呈现出多态性,将不同的带型分别命名为AA、AB和BB基因型。通过测序发现PACAP基因的第二外显子部分存在一个SNP位点(G42A),该位点没有引起编码氨基端的改变。通过不同基因型与尼罗罗非鱼生长性状之间的多重比较结果显示,雄性尼罗罗非鱼AA基因型个体的全长、体长、体高、体厚、尾柄高和体重都显著性大于AB基因型个体(P<0.5)。由此认为,AA基因型是雄性尼罗罗非鱼生长的优势基因型,AB基因型则是雄性尼罗罗非鱼生长的劣势基因型,可以尝试将SNP位点(G42A)应用于雄性尼罗罗非鱼的标记辅助选育。生肌决定因子6(Myogenic factor6, MYF6)是生肌决定因子家族的一员,在肌纤维中大量表达。该家族还有3个基因分别为Myf4, Myf5和MyoD,其中Myf5和MyoD基因共同作用于成肌细胞的生成,Myf6和Myf4基因共同作用于肌小管的分化。这4个基因之间相互配合,共同在肌肉的分化和形成过程中发挥作用。本研究利用RT-PCR和RACE方法成功分离尼罗罗非鱼的MYF6基因,该基因cDNA全长为990bp,最大开放阅读框678bp,编码225个氨基酸。通过PCR-SSCP方法对尼罗罗非鱼MYF6基因的CDS区域进行SNPs检测,在引物M2的SSCP图谱中呈现出多态性,将不同的带型分别命名为AA、AB和BB基因型。通过测序发现MYF6基因第一外显子部分存在一个SNP位点(G137T),该位点没有引起编码氨基端的改变。通过不同基因型与尼罗罗非鱼生长性状之间的多重比较结果显示,雄鱼AA基因型个体的体高显著性高于AB基因型(P<0.5),在整个群体中AA基因型个体的全长、体长、体高和体重显著性高于AB基因型(P<0.5)。由此认为,AA基因型是尼罗罗非鱼生长的优势基因型,AB基因型是尼罗罗非鱼生长的劣势基因型,可以尝试将SNP位点(G137T)用于尼罗罗非鱼的标记辅助选育。