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鸭疫里默氏菌(Riemerella anatipestifer,RA)是黄杆菌科的革兰阴性菌,在世界范围内发生和流行,给养鸭业带来了巨大的经济损失。而抗生素作为预防和治疗的有效手段却因临床上的广泛应用出现了非常强的多重耐药性。插入序列(Insertion sequence,IS)是一种广泛存在于细菌基因组的移动遗传因子,通过不同的转座机制在基因组内或基因组之间进行水平移动从而诱导耐药、毒力和代谢等多类基因的突变、缺失、倒位。本研究通过生物信息学手段分析了28株鸭疫里默氏菌基因组的IS数量、分布及其对基因组的影响,最后通过构建缺失株和表型实验来验证IS对细菌耐药性的影响。本研究的主要结果如下:1.鸭疫里默氏菌草图基因组的重新拼接和菌株RCAD0133的重测序以菌株RA-CH-1为参考序列对18株草图基因组进行拼接得到新的基因组用于插入序列的预测。同时采用第三代SMRT测序技术对菌株RCAD0133进行重测序,结果表明菌株RCAD0133基因组由一条环状的染色体组成,全长2,509,140 bp,平均GC含量为34.85%。2.鸭疫里默氏菌插入序列的数量、分类及对基因组影响28株鸭疫里默氏菌中一共发现了513个IS,包括来源于鸭疫里默氏菌的ISRa1(442个)和ISRan1(54个);来源于其他菌株的17个IS(13个IS1家族的IS、IS613、IS150、IS186A和IS3)。对其中10株完成图基因组中的304个插入序列进行深入研究发现233为独有IS,71个为共有IS,共有IS插入位点AT含量较高,而独有IS插入位点没有明显碱基偏嗜性。完成图基因组中110个IS插入到非编码区,68个IS插入到基因内部,126个IS的插入导致了基因丢失或增加。插入非编码区的IS一共影响107个基因;插入基因内部的IS打断了多重耐药外排泵acrB基因;此外,IS的插入使得基因组中增加了87个外源板块,带来了253个独有基因和一些毒力基因、耐药基因、调节因子,同时导致了17处基因重排和8处基因丢失。3.鸭疫里默氏菌acrB基因缺失株的构建及MIC值的测定在菌株RCAD0133中,IS打断了acrB基因,为了研究IS对基因组耐药的影响,分别在菌株ATCC 11845、RA-CH-2、RCAD0122和RA-CH-1中构建了该基因的缺失株和回补株并将回补质粒导入菌株RCAD0133中。最后采用96孔稀释法检测了10种抗生素对不同菌株亲本株、缺失株和回补株的MIC值。结果显示外排泵acrB基因介导RA耐链霉素、甲氧苄氨嘧啶、利福平、头孢噻呋和氯霉素且IS的插入减弱了acrB基因的外排功能。