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以蓝隐藻（Chroomonas placoidea T13）为材料，经藻体细胞破碎、硫酸铵分级沉淀分离、分子筛层析得到A645/A280大于7的纯化的藻蓝蛋白645（phycocyanin, PC645）；摸索并优化了IEF、SDS-PAGE、二维电泳以及二次SDS-PAGE方法进行亚基分离的条件，得到了纯化的PC645亚基；并对其存在争议的?亚基的种类、组成、光谱性质和亚基序列差异进行了研究。 分离、纯化后的各级硫酸铵饱和度的PC645，表现出近乎相同的光谱性质，吸收光谱的最大吸收峰在580和645nm，荧光发射光谱的最大发射峰在660-662nm。 亚基分离结果显示，蓝隐藻PC645除了?1和?2外，含有两个不同的β亚基，分别命名为β1和β2，其等电点分别是6.2和5.8，分子质量分别为18.6kDa和15.2kDa。纯化的?亚基在可见光区主要产生580nm吸收以及587nm的激发峰（与DBV色基有关），但630-640nmPCB的吸收不明显，且660nm的特征发射峰消失，可能PCB色基存在状态发生了变化。其中β2亚基的含量随藻蓝蛋白疏水性的增强而增加，在70％硫酸铵饱和度下沉淀的PC645含量最高。 将经过二维电泳或二次SDS-PAGE方法纯化的两种β亚基进行胶内酶解，摸索了胰蛋白酶的酶解条件和酶解液的SDS-PAGE肽谱分离条件，以及反向C18色谱柱液相系统分析条件。结果表明：变性后的蓝隐藻PC645至少存在4个极性不同的亚基；两个β亚基的酶解液在极性区有明显序列差异性。 质谱分析结果也显示，与已经发表β亚基相比，β1亚基的一级序列匹配程度更高，而β2亚基与其相似度不同。 以上结果证实，蓝隐藻PC645至少存在4种不同的发光亚基，其中未曾报道的β2亚基与目前普遍认同的β1亚基在等电点、分子质量、亚基极性以及序列上均存在差异，是蓝隐藻PC645中存在的一个新的发光亚基。