香气品质育种是烟草（Nicotiana tabacum）育种的重要方向，但基础种质材料主要致香物质不清楚、香气性状遗传机制研究薄弱、鉴定筛选手段落后等问题，严重制约了香气品质育种进程。本研究针对以上问题，通过在四川西昌和山东诸城对60个烤烟品种致香物质的鉴定比较，初步明确了基础种质致香物质的差异，筛选致香物质含量高的种质供育种利用。利用关联分析发掘致香物质关联标记和优异种质资源，为香气品质育种和分子标记辅助育种提供依据。主要结果如下：（1）对两产区相同基因型烤烟烟叶的致香物质含量差异分析，在四川西昌产区，致香物质总量和各类致香物质含量均较高的是云烟2号、Hicks.BL、FC8、NC95等9个品种，在山东诸城产区，致香物质总量和各类致香物质含量均较高的品种有NC567、翠碧一号、大白筋599等10个品种，综合两产区致香物质总量均大于平均值的品种有Hicks.BL、FC8、G28、净叶黄等12个品种，除净叶黄外，国外引进种质占90%以上，说明国外引进种质在致香物质总量方面优于国内育成品种，国外引进种质的高致香物质含量可能是其高香气特征的基础。在两产区的香气育种中都可以利用这些引进种质，以提高国内品种致香物质含量总体水平。（2）通过基于香型指数的烟叶香型风格分析发现，在四川产区，12个品种表现偏中间香型风格，39个品种表现偏清香型风格，总体来看大部分基因型烤烟在四川表现偏清香型风格；在山东产区，46个品种偏中间香型风格，5个品种偏浓香型风格，总体来看大部分基因型烤烟在山东表现偏中间香型风格，与我国烟草行业对两烟区香型风格的划分一致。（3）对不同产区致香物质含量差异分析发现，同一品种在山东诸城多元酸、高级脂肪酸、苯丙氨酸降解物绝对含量和相对含量高于四川西昌，而多酚、叶绿素绝对含量和相对含量低于四川西昌，这可能是山东、四川产区烤烟烟叶香型风格分别偏浓香型和清香型的物质基础。（4）利用均匀分布于24条连锁群的1914对SSR标记对60个品种进行全基因组扫描，获得具有多态性的引物483对，SSR标记多态性与致香物质含量进行关联分析，得到一些在两产区同时显著关联的致香物质和标记位点，并绘制了有关联标记和致香物质的遗传连锁图谱。在P＜0.05水平下，找到了77个SSR标记位点和53种致香物质，77个位点位于除9、11号连锁群外的22条连锁群。在两产区同时关联致香物质和SSR位点大部分位于1、4、5、17、18、22、23号连锁群。在P＜0.01水平下，11个标记和6种致香物质极显著关联：茄酮与PT61414关联，2，4-庚二烯醛与PT52263关联，草酸与PT50182、PT50622、PT51735关联，芳樟醇与PT60597关联，肉豆蔻酸与PT60191关联，香叶醇与PT53026、PT61423、PT54015关联。分析关联结果过程中，发现存在一种致香物质与多个标记关联，推测与这些标记紧密连锁的部分基因可能参与该致香物质的代谢途径；也存在一个标记与多种致香物质关联，可能由于该标记连锁的基因参与多种致香物质代谢途径。同时某些致香物质的多个关联标记位于同一条连锁群上，且遗传距离较小，推测参与该致香物质代谢途径的一个或多个基因可能位于标记附近的区域，与关联标记紧密连锁，该区域对研究该致香物质具有重要意义。对关联标记进一步分析，获得部分致香物质的高值基因型和高含量种质，可用于分子标记辅助育种。