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猪作为重要的农业经济动物,既为人类提供大量肉类产品,也可以作为生物医学模型用于研究。由于国外猪种历经长时间的人工选育,其生长速度和瘦肉率都极大的提高,但也导致了肉质变差、肌内脂肪含量降低等现象。而中国地方猪种虽然在肉质、适应性、繁殖力上远超国外瘦肉型猪种,但在瘦肉率、生长速度等性状上相比国外品种存在显著差异。大量研究表明中外猪种间种质差异的形成与基因的差异表达有关,但关于差异表达linc RNAs(Long intergenic non-coding RNAs)和PASs(Polyadenylation sites)的鉴定以及它们在中外猪种骨骼肌发育差异中的作用还不清楚。因此,从转录组水平探索中外猪种骨骼肌发育相关linc RNAs和PASs的差异表达,对于解析品种间肌肉发育差异的分子机理具有重要作用。本研究选用生长速度慢但肉质优良的大蒲莲猪(Dapulian,D)和生长速度快但肉质较差的长白猪(Landrace,L)以及长蒲二元猪(Landrace×Dapulian,LD)和杜长蒲三元猪(Duroc×Landrace×Dapulian,DLD)作为试验动物,利用转录组数据鉴定不同品种猪骨骼肌中的差异表达linc RNAs和差异利用率PASs,并分析差异linc RNAs和PASs的功能。本研究的主要结果如下:1、以4组32个样本数据为材料,使用Hisat2和String Tie等软件进行linc RNAs鉴定与差异表达分析。结果表明,总共筛选出381个linc RNAs,其中327个为已知linc RNAs,54个为新鉴定linc RNAs。利用差异表达分析鉴定linc RNAs,共得到167个差异表达linc RNAs,其中已知linc RNAs有150个,新鉴定的linc RNAs有17个。2、基于linc RNA的顺式调控,筛选差异表达linc RNAs上下游100k内且相关系数大于0.6的差异表达基因共87个,对这些基因做基因本体(Gene Ontology,GO)分析和KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)分析,发现它们聚类在骨骼肌纤维发育和肌肉收缩等通路。3、以差异表达m RNAs与差异表达linc RNAs的表达量数据为矩阵,使用加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)构建共表达网络,选定软阈值12以划分模块,从12个模块中鉴定出4个显著相关于肌肉发育的模块,最终筛选得到8个核心linc RNAs。功能富集分析表明它们可能参与P13K-AKT通路和AMPK信号通路,间接影响肌肉发育。4、利用位置信息将这些差异表达linc RNAs比对到QTL(Quantitative trait locus)数据库里,根据QTL数据库注释信息预测它们的功能。结果表明其中161个差异表达linc RNAs落在362个与肌肉发育相关的QTLs上,大部分QTLs和DELs(Differentially expressed linc RNAs)位于一号和二号染色体。对这些QTLs统计归纳,可划分为15组,其中肌肉蛋白、瘦肉率及肌纤维数量相关QTLs最多。5、利用拼装完整的RNA-seq数据筛选得到418万个含有Poly(A)或Poly(T)的reads,最终鉴定出12490个PASs;基于猪参考基因组对PASs进行注释,结果发现70%的基因有着不超过2个PASs,并且大部分PASs都位于3’UTR(3’untranslated region),少量PASs位于CDS(Coding sequence)区域。6、通过对骨骼肌组织中PAS数量及利用率的分析发现,PAS在不同猪种同一组织中并未出现较大的数量差异,但是PASs的利用率却大不相同;并且基因内PASs的数量和利用率在一定程度上与基因表达量呈正相关。对差异利用的PASs做功能富集分析,发现这些PASs对应的基因可能参与肌肉收缩、骨骼肌组织发育、胰岛素通路等,这表明不同品种间PASs的差异利用可能与骨骼肌发育有关。综上所述,本研究从转录组水平系统研究了两个品种及杂交猪骨骼肌差异表达基因,筛选鉴定了一批新的可能与骨骼肌发育相关的linc RNAs和PASs,为研究猪的比较转录组学提供了宝贵的遗传资源,并且有助于提高对猪转录组遗传结构的认识和理解。