住院腹泻患者与健康人群艰难梭菌分离株分子流行病学和耐药性研究

来源 :温州医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jiangjunaiai
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目的:  艰难梭菌(Clostridium difficile,CD)是厌氧的革兰阳性芽孢杆菌,广泛分布于人和动物的肠道内。近20年,艰难梭菌的感染率一直呈现上升趋势,在美国艰难梭菌的检出率甚至超过了MRSA,而国内研究起步晚,缺乏权威性的指导文件,也缺乏大数据的流行病学研究,对艰难梭菌的院内监测也几乎是空白。本研究分析本地区成人住院腹泻患者、医务工作者、体检人群艰难梭菌感染率的差异,并分析住院腹泻患者艰难梭菌感染的组内流行特征和医务工作者的CD携带情况,为临床针对性治疗和院感防控提供依据;通过毒素基因检测和多位点序列分型,进一步补充流行病学情况,并分析其中的差异;对耐药谱分析,给临床诊疗提供实验室依据。  方法:  1.收集2015-2016年嘉兴市第二医院成人住院腹泻患者粪便标本852份,2016年本院医务工作者粪便标本183份,2016年部分来本院体检人群的粪便标本310份,已全部剔除重复标本,并对所有粪便标本直接进行厌氧培养,经鉴定后获取艰难梭菌的菌株。  2.收集住院腹泻患者的临床信息,进行分类汇总,分析本院临床感染特点。  3.采用细菌DNA提取试剂盒对艰难梭菌DNA进行提取,用PCR方法检测各菌株的毒素基因(tcdA和tcdB)。  4.利用多位点序列分型方法明确各艰难梭菌的ST型别,分析不同组内的主要优势型别,用eBURST v3软件将ST型进行亲缘关系分析,将住院腹泻患者的艰难梭菌和另外两组进行比对,并分析所有菌株的同源性。  5.用琼脂稀释法方法测定艰难梭菌对万古霉素、甲硝唑、左氧氟沙星、环丙沙星、利福平、红霉素、克林霉素、替加环素、美罗培南的最低抑菌浓度(MIC),并分析耐药谱。  结果:  1.2015-2016年嘉兴市第二医院成人住院腹泻患者粪便艰难梭菌的感染率为12.67%(108/852),高于2016年体检人群2.58%(8/310)的携带率,差异有统计学意义,而2016年医务工作者艰难梭菌的携带率为7.10%(13/183),介于其他两组之间,差异尚无统计学意义。  2.住院腹泻患者中分离到艰难梭菌最多的科室分别为消化内科(37株)和ICU(22株),对应的科室阳性率则分别为13.50%,10.14%,而科室阳性率最高的是胸外科的22.22%,全院总体平均感染率为12.67%。  3.住院腹泻患者中一个月内使用过至少1种抗生素的占75.93%(82/108),且使用3种及3种以上的抗生素的患者占了26.86%(29/108),主要集中在ICU病房,而未使用过抗生素的患者只占24.07%,主要集中于消化内科。  4.在消化内科中,慢性结肠炎和溃疡性结肠炎的患者艰难梭菌的感染分别为18.39%(16/87),24.49%(12/49),与体检人群携带率相比,差异有统计学意义。慢性结肠炎患者的感染率明显高于结肠炎患者,而克罗恩病和伪膜性肠炎患者艰难梭菌感染率低于文献报道。  5.住院腹泻患者艰难梭菌毒素基因型tcdA+tcdB+菌株93株,占86.1%(93/108),tcdA-tcdB+菌株6株,占5.56%(6/108),tcdA-tcdB-菌株9株,8.33%(9/108),医务工作者艰难梭菌相对应的毒素基因型别为69.23%(9/13),7.69%(1/13),23.08%(3/13),体检人群则为62.5%(5/8),12.5(1/8),25%(2/8),三个组均未发现tcdA+tcdB-的毒素基因型。  6.多位点序列分型中,住院腹泻患者中的艰难梭菌是以ST54、ST3、ST8、ST2为优势型别,占了49.07%(53/108),而医务工作者和体检人群中ST54,ST3也排名相对靠前。总体来说,本地区以ST54、ST3、ST2为优势型别,占了41.09%(53/129)。  7.ST54、ST2、ST8和ST35全部表现为tcdA+tcdB+,所有ST37都是tcdA-tcdB+,但在ST3、ST26中,却同时发现了三种毒素基因型, ST39、ST33、ST81、ST15也在2个毒素基因型(tcdA+tcdB+、tcdA-tcdB-)中被发现。  8.eBURST v3软件分析,住院腹泻患者组32个STs可以归为7个克隆群(CC48、CC11、CC5、CC37、CC99、CC39、CC238)和1个组(Group103);医务工作者组共有11个STs,除ST319属于单体,其余归属于CC39和CC48;体检人群组共6个STs,归属于CC39和CC48。  9.住院腹泻患者组108株艰难梭菌对万古霉素、甲硝唑、替加环素、美罗培南全部敏感,对利福平也只呈低水平的耐药(2.8%);对环丙沙星94.4%的耐药率明显高于左氧氟沙星30.6%耐药率;对克林霉素和红霉素耐药率也较高,分别为98.1%和50%。由医务工作者和体检人员组成的健康人群组21株艰难梭菌对万古霉素、甲硝唑、替加环素、美罗培南、利福平全部敏感,但对环丙沙星、左氧氟沙星、克林霉素、红霉素的耐药率较住院腹泻组略高,分别为100%、52.4%、100%、66.7%。  10.tcdA-tcdB+型菌株对红霉素的耐药率明显高于tcdA+tcdB+型菌株,差异有统计学意义,同时tcdA-tcdB+型菌株对利福平、左氧氟沙星的耐药率亦高于其他两个毒素基因型菌株,而对于万古霉素、甲硝唑、替加环素、美罗培南、克林霉素和环丙沙星,三个基因型菌株表现的耐药率十分相似。  11.非ST54、ST3、ST2的其他STs型对左氧氟沙星和环丙沙星的耐药率分别为43.4%和97.4%,高于ST54、ST3、ST2流行株20.8%和75.5%的耐药率,差异有统计学意义,而对于其他的几个抗生素,两组呈现的耐药率比较接近。  结论:  1.本研究中临床腹泻患者艰难梭菌的感染率明显高于本院体检人群的携带率,感染风险较高,临床抗生素的使用比例较高,临床治疗过程中需警惕艰难梭菌的感染,而本院医务工作者携带率介于两组之间,需防范医务工作者感染和传播的风险。  2.本研究中住院腹泻患者中分离的艰难梭菌数量最多的是消化内科和ICU,但胸外科的阳性率最高,总体感染率较高。在消化内科中,慢性结肠炎和溃疡性结肠炎患者明显高于体检人群,当结肠炎转化为慢性时,伴随着艰难梭菌的感染率明显上升。  3.本研究中住院腹泻患者中的艰难梭菌毒素基因携带率明显高于医务工作者和体检人群,另外tcdA-tcdB+菌株亦表现出较高的耐药性。  4.本研究中目前嘉兴地区住院腹泻人群中艰难梭菌以ST54、ST3、ST8、ST2为主要流行型别,其他医务工作者和体检人群中ST54亦排名靠前,总体来说,本地区以ST54、ST3、ST2为优势型别。eBURST亲缘关系分析显示艰难梭菌ST型别分布比较分散,无集中趋势,感染相对散发,亦未发现高产毒株。  5.本研究中住院腹泻患者中的艰难梭菌对甲硝唑、万古霉素、替加环素、美罗培南和利福平敏感性较好,可作为临床治疗艰难梭菌感染的用药选择,但对克林霉素、红霉素、环丙沙星和左氧氟沙星表现出较高的耐药性,临床使用时需引起重视,而由医务工作者和体检人员组成的健康人群中对这些抗生素的耐药情况亦十分相似。
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