目的:为进一步全面了解昆明市儿童医院2019年-2020年由不同病原体感染的住院手足口病临床特点存在的差异性情况,在今后的临床诊治中能够对不同病原体感染进行明确辨识,然后进行更好治疗;另外,为详细明确的了解我院的手足口病病原体的分子流行病学特点,并且对于目前报道罕见的CA5（Coxsackievirus A）病毒株全基因的情况更进一步研究,开展了对本院手足口病病原体的分子流行病研究、CA5毒株的全基因研究。通过本次研究,对于昆明地区手足口病病原体的分布及进化情况,以及对今后手足口病病毒（除EV71）的疫苗研制起到一定推动作用。方法:首先,采用系统性回顾分析对我院病历系统中1294例2019年-2020年住院手足口病患儿临床资料信息进行收集并完成整理和分析,统计方法采用SPSS.20.0进行统计及分析;其次,收集2019年-2020年155份住院手足口病患儿粪便样本,依次经过病毒核酸提取、RT-PCR、并将产物送昆明擎科基因公司进行测序,将获得的部分VP1序列在NCBI上进行比对以确定分子分型,并对检出的前三位优势病毒株在MEGA7.0上构建系统进化树,并对其进化分析。最后,通过从NCBI获得两株CA5病毒株的参考株,运用参考株设计引物进行PCR扩增获得两株昆明临床病毒株的全基因序列,将PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳,后送至昆明擎科测序公司测序,头尾两端送至基因公司进行基因克隆,将不同序列进行拼接、得到全基因序列,然后运用MEGA 7.0、Simplot 3.5.1进行进化及基因重组分析。结果:1.2019年-2020年中通过我院住院病历系统收集收集到共1294例住院确诊手足口病病例,其中在12岁年龄段手足口病发病较其他年龄段稍高,EV71、CA16（Coxsackievirus A16）、CA6（Coxsackievirus A6）、CA10（Coxsackievirus A10）、其他（除外EV71、CA16、CA10、CA6的其他病原体感染）中发病年龄主要在幼儿时期,男童发病情况多于女童,其中感染EV71后更容易引起重症及危重症手足口病,各组不同病原体之间在发热热峰、纳少、神经系统症状、循环系统受累临床特点方面具有统计学意义（P<0.05）;感染不同类型肠道病毒病例在引起白细胞计数方面、CRP>10mg/L、AST>40umol/L、CK>80U/L、LDH>394.1U/L、GLU>6.1mmol/L及脑电图异常中存在统计学意义（P<0.05）。2.在2019年-2020年中共收集155份住院手足口病患儿的粪便样本,男童108例,女童47例,男女比例2.29:1,年龄主要分布在12岁年龄段之间,其中轻症有99例,重症有55例;经过检测后105份手足口病患儿粪便样本中检测出肠道病毒,共检出10种病原体,本次研究的155份手足口病患儿的粪便样本检测结果中无混合感染情况。其中检测中前三位优势病毒为CA6（65.7%69/105）、CA16（11.4%12/105）、CA10（10.4%11/105）,其中CA6是引起手足口病的主要病原体;其中CA6、CA16、CA10分别属于D3、B1a、D2亚型。3.通过PCR扩增所后得到的两株CA5全基因序列与襄阳市2017年所分离出的CA5毒株最具有同源性;与其他类型的肠道病毒存在重组情况,如CA12重组情况主要是在5’UTR、VP2、VP3、VP1有重组情况,与CA10在5’UTR在基因结构区域存在重组,与CA4在3D、3’UTR重组存在重组可能,在2A区域与CA16存在重组情况。结论:1.本地区手足口病住院患儿主要病原谱发生变化,表现为CA6成为引起手足口病的主要病原体,其引起手足口病临床特点在未来诊疗及疫苗研制中需要引起关注;2.加强对引起儿童手足口病的CA16、CA10、CA2、CA5、CA4等其他肠道病毒的深入研究迫在眉睫;3.本次研究的两株CA5毒株与国内襄阳分离株同源性高,且存在重组情况。