高新技术企业是知识和技术密集型产业,其技术创新效率将影响整个工业产业乃至国家的自主创新能力,因而是国家创新驱动发展转型的重要引擎,处在战略性地位。税收是影响高新技术企业创新效率的重要因素,如何利用我国的减税政策提升高新技术企业的创新效率,是当前的重要问题。本文创新性地将高新技术企业的技术创新活动分为研发阶段和成果转化阶段。在理论分析部分,本文通过内生增长理论、外部性理论、公共物品理论和政府干预理论,理论分析了政府支持高新技术企业创新活动的必要性。通过理论分析发现,减税可以通过提高投资回报率、降低融资约束、分担创新风险等多种机制路径激发高新技术企业的创新动力,增加其研发投入,促进其成果转化,进而提升其创新效率。在实证研究部分,本文首先通过构建高新技术企业两阶段创新效率的评价体系。再利用链式关联网络DEA模型测度我国27个省份高新技术企业2012-2018年的两阶段技术创新效率,结果发现:我国高新技术企业的创新效率普遍偏低,成果转化阶段的效率稍微高于研发阶段的效率,地区之间的差距比较明显。最后通过Tobit进行回归分析,研究发现:减税能够有效提高高新技术企业的创新效率,且减税对成果转化阶段创新效率的影响更大。