区域创新系统作为国家创新系统在区域层次的延伸，是创新型国家建设的重要支撑。现阶段我国区域创新基础与发展水平地区差距显著，创新模式与路径选择脱离阶段现实。识别区域创新系统发展阶段，将有利于满足产业错位布局、区域差异定位、环境针对性优化等我国经济与科技全面、协调、可持续发展的现实需求。而区域创新系统发展阶段的识别面临系统构成维度复杂、阶段识别标准相对、阶段划分方式多元造成的操作困难。因此，在对区域创新系统构成充分探讨基础上，研究区域创新系统发展阶段的识别方法、转换机理与对策，具有重要的理论与现实意义。　　本文首先在区域经济理论、创新经济理论与创新系统理论渊源基础上，把区域创新系统界定为：在一定区域范围内，为实现预定的创新发展目标，政府、企业、院所等主体，通过人才、资本、技术投入，推动制度、科技、管理等内容创新，不断创新产品、提升产业、优化环境而形成的创新主体相互转换、创新内容相互作用、创新投入相互支撑的系统。从区域创新系统的根植性、开放性与动态平衡性角度探讨了区域创新系统发展阶段产生的基础，基于生命周期理论把区域创新系统发展阶段划分为起步、成长、成熟与更替，并从区域创新主体、投入、内容与产出角度探讨了区域创新系统各发展阶段的主要特征。其次，从创新主体、创新投入、创新内容与创新产出四大维度，在充分借鉴学者们前期研究基础上，建立了包含56个四级指标的区域创新系统发展阶段识别指标体系。借助灰色关联分析对区域创新系统发展阶段进行预判，并结合判别分析对预判结果进行检验，建立集“阶段预判”与“阶段检验”于一体的区域创新系统发展阶段识别的“灰色关联预判——判别分析检验”计量模型。实证应用表明综合模型具有很高的可信度，我国除港澳台及西藏外的30个省域创新系统中北京、上海、江苏、广东四大地区处于成熟阶段，天津、山东、浙江、辽宁等共14个地区处于成长阶段，江西、海南、吉林、内蒙古等12个地区处于起步阶段；且整体呈现出创新阶段与经济水平相匹配、创新要素内部发展不均衡、创新标志性指标区分度高的特征。最后，提出区域创新系统发展阶段转换机理及对策。结合区域经济发展经典理论与实践发展规律，从系统发展的内因与外因两大角度，提出区域创新系统发展阶段转换的四大机理：基于比较优势的专项突破转换，基于极化效应的集群生长转换，基于溢出效应的引进创新转换，基于协同效应的区域联合转换。并依据阶段转换机理，提出起步向成长阶段转换着重促进创新要素集聚对策，成长向成熟阶段转换的提升创新转化效率对策，成熟向创新再发展阶段转换的扩展创新发展空间对策。