自2012年1月1日国家在上海地区实施第一个“营改增”试点，随后在各省市进行快速推广，说明了税制改革在中国势在必行。增值税对物流企业优化投资结构及企业结构调整、精准核算纳税和减轻税收负担等具有积极影响，但税改后有些物流企业出现了税负加重、利润下滑和流动资金减少的现象，对第三方物流企业带来巨大挑战。　　如何在增值税环境下规避影响，降低企业运营成本，提升企业盈利水平和综合竞争力，成为第三方物流企业发展的当务之急。“营改增”理论上是税务问题，但实际上不仅仅如此。“营改增”对第三方物流的运作模式带来质疑，第三方物流的成本来自于什么？从根本上讲这取决于第三方物流企业与其下游的资质和合作模式，这决定了第三方物流企业能否取得进项抵扣。　　本文从第三方物流企业的运作模式的研究角度，提出第三方物流企业应改变传统的与下游合作模式，采取资源整合模式形成紧密的战略合作机制，创造共赢局面。并且采取提升信息化水平、加强自动化程度、规范作业流程，减少和替代例如装卸、分拣、跟踪、对账等环节中的人工作业和人工成本，增加合理进项，降低企业运营成本，提高企业盈利水平，从而增强企业综合竞争力。　　本文以深圳市华鹏飞物流股份有限公司（简称华鹏飞物流）为例，说明了与下游合作模式变革对企业带来的好处。　　本文总结了第三方物流企业应对“营改增”的策略研究不仅要治标更要治本，第三方物流企业应该利用“营改增”带来的机遇，积极推动传统物流企业业务模式的转型。