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ISSR（Inter Simple Sequence Repeat）分子标记技术是近年来发展起来的一种新的分子生物学技术，目前主要应用于高等哺乳动物和植物的各领域的研究。本研究利用这种分子标记技术对来自我国12省、市、自治区及美国的共28株不同致病力的大丽轮枝菌进行了分子指纹分析，主要结果如下： 1．建立了稳定的具有广泛适用性的ISSR-PCR分析的反应体系及反应程序。研究以28份大丽轮枝菌基因组DNA为模板，对ISSR反应程序中的一些重要参数进行了摸索和优化试验，建立了一套应用体系和应用程序。本研究反应体系及反应程序为：25μl体系中含有1×Buffer（KCl 10mM、（NH4）2SO4，8mM、10mM Tris-HCl（pH9.0）、NP-40）、2.0mM Mg2+、200μMdNTP、ISSR-Primer 0.2μM、20ng模板DNA、1.5UTaqDNA聚合酶。反应程序为第一个循环：94℃3min、退火温度1min、72℃延伸1.5min，后35个循环为94℃30sec，退火温度1.5min，72℃延伸1.5min，最后一个循环完成后，在72℃延伸7min，然后在4℃保温。 2．本实验证明在真菌大丽轮枝菌中ISSR（inter simple sequence repeat）是普遍存在的。 3．从加拿大购进的Set#9的100个引物中筛选出14个具有高度多态性的ISSR引物。用14个ISSR引物在标准值为10以下时将28个菌系分为两个类群：ISG1，ISG2；在标准值为6以下时，将28个菌系分为7个亚群：SISG1，SISG2，SISG3，SISG4，SISG5，SISG6，SISG7。结果表明，ISSR多态性与致病能力强弱有关，说明致病能力的强弱可能是由位于重复序列之间的基因决定的；另外，亲缘关系及致病力与地理来源未表现出相关性。