利用SSR标记构建2004、2005年四川和贵州省推荐审定杂交稻品种的DNA指纹图谱，包括80个杂交品种及其66份亲本材料，并作亲本间的遗传差异和亲缘关系分析，用分子标记选择优良亲本，另一方面，针对四川杂交稻主推品种冈优725和Ⅱ优838存在种子纯度问题，利用SSR标记进行了种子纯度鉴定。主要结果如下： 1．四川和贵州省推荐审定品种的指纹图谱构建杂交稻品种的遗传差异的分析 90对引物中有44对SSR引物均能扩增出清晰且多态性较丰富的带型，来源于不同染色体的SSR引物的多态性表现不同。44对引物占检测引物的48.89％。SSR在亲本间的多态性和聚类分析表明，推荐审定品种的亲本材料间的遗传差异不大。通过组合的主要农艺性状的竞争优势与遗传距离的相关分析及通径分析表明，产量构成的主导因子千粒重与亲本间遗传差异呈极显著相关。 据聚类分析，供试亲本主要分为不育系和恢复系两大类群。平均遗传距离为0.641，恢复系间的平均距离为0.612，不育系间为0.564。表明不育系间的遗传差异较小。将44份四川品种和36份贵州品种进行遗传差异的比较分析，发现大部分贵州品种与四川品种的差异较大，其中K优117与所有供试材料的遗传距离较大，单独聚为一类。 分子标记鉴定参试品种间的差异时，选用构建指纹图谱的44对引物对育种者样进行区分比较。实验结果表明各品种间至少有两对引物及以上的差异，多数有三对引物以上的差异。说明各品种都是不同的，品种间存在显著差异。统计品种间有差异的SSR标记时，设计并使用了一个简单的计算机程序，该程序可以迅速地统计出鉴定其中任意两个品种的多态性标记及标记数。这样我们在构建若干水稻品种的指纹图谱后，可以直接运行该程序进行种子纯度及一致性统计工作。 2．利用SSR分子标记进行种子纯度鉴定 DNA指纹在杂交水稻种子纯度鉴定中应用越来越广泛。主要有RAPD、RFLP、AFLP、SSR等几种分子标记构建DNA指纹图谱。其中，SSR分子标记最具应用潜力。本研究从26份籼型杂交水稻亲本的DNA指纹图谱中筛选出冈优725和Ⅱ优838两个品种的特异引物，对四川省6家种子企业生产的两个杂交水稻品种冈优725、Ⅱ优838及其亲本进行田间和室内SSR标记纯度鉴定。6家种子企业提供的亲本及杂交种的纯度普遍较低，多数未达国家标准。田间取样时采用了矩阵回归取样法。30个样本就