色谱-质谱联用仪集色谱分离和质谱分析优势为一体，被广泛应用于环境化学、公共安全、医药卫生、蛋白质组学等领域。软件系统作为联用设备的重要组成部分，对数据的分析处理效果直接影响待测物的分析结果。本文在分析了国内外主要气相色谱-质谱联用仪的数据处理软件和分析算法的基础上，对数据预处理中的色谱重叠峰分峰和质谱基线校正进行了研究，并以便携式气相色谱-质谱联用仪为研究对象，开发了一款与之对应的软件系统。本文主要工作内容如下：　　（1）提出了基于谱峰峰点修正的色谱重叠峰分峰新方法。该方法首先从较小峰的后沿选取起始点，逐步对小峰峰点进行校正，得到小峰后沿后，通过相似性原理，模拟出构成重叠峰的单峰。本文的方法相对于垂线法、交点垂线法、迭代法等已有的分峰算法效果较好，误差控制在5％以下。特别是对于无谷点的重叠峰，以上算法甚至无法将其分离，而本文方法仍可以将误差控制在5%以下。　　（2）针对质谱数据低频段中噪声剔除的复杂性特点，该方法首先确定峰信号和峰区域，剔除这些信号区域后，然后对剩余的数据使用固定窗口中值法进行基线校正。最后使用该方法对实际的质谱图进行实验表明，该方法能够有效保留低频区域的信号峰，误差较小。　　（3）采用模块化编程思想，划分系统功能模块，整合数据处理关键技术，开发了便携式气相色谱-质谱联用软件系统，该软件系统实现了对联用仪的实时操控以及对数据的实时处理。　　研究结果表明，本文的两个改进方法和软件系统完善了质谱数据处理关键技术的研究及质谱软件的开发，为便携式气相色谱-质谱联用仪快速准确分析混合物成分提供了支持。