自Cooke于1992年提出区域创新概念以来，学者们对区域研究的重点就从区域发展转到了对区域自主创新的研究。伴随着经济发展和科技进步的时代潮流，区域自主创新对一个区域的社会经济发展起到了关键性的作用，区域自主创新能力已经成为一个国家或地区竞争力的决定性因素。江苏省地处长三角地带，有着优越的地理位置和自身的特色。无论在经济领域还是在科技领域，江苏省都处在全国的前列。但由于各种原因，江苏省的科技情况还存在许多不足。因此，研究江苏省区域的自主创新能力和建立评价指标体系显得尤为重要，也具有较强的现实意义和借鉴意义。本研究主要分为五个部分。第一部分主要对自主创新的来源和界定以及区域自主创新的定义、区域创新体系的内涵进行了论述。第二部分主要从科技资源投入和科技产出两个方面分析江苏省科技创新能力的现状，从中发现江苏省的科技投入与产出之间存在失衡。第三部分从创新资源能力、创新活动能力、创新绩效能力和创新环境能力四个方面选取出14个三级指标，利用2009年的数据对江苏省13市的区域自主创新能力进行因子分析，最终的排名顺序依次为苏州、南京、无锡、常州、南通、扬州、镇江、泰州、徐州、盐城、连云港、淮安和宿迁。第四部分从投入与产出两个方面应用DEA法以及超效率DEA法对2009年江苏省大中型制造业的自主创新能力进行效率评价，并且建立了影响大中型制造业技术效率因素的DEA-Tobit回归模型。得出的结论是：烟草制品业的综合效率排名最靠前，位列第一位，皮革、毛皮、羽毛（绒）及其制品业和文教体育用品制造业的综合效率值分别位列二、三位。而通用设备制造业、造纸及纸制品业与饮料制造业这三个行业的综合效率值最低。第五部分主要是对当前江苏省自主创新进程中存在的问题和建设江苏省自主创新区域的目标，提出应如何提升江苏省自主创新能力的对策与建议。