2000年的《最高人民法院关于执行<中华人民共和国行政诉讼法>若干问题的解释》首次提到了确认无效判决,但是其与确认违法判决规定于同一法条之上,也未对适用对象、审查标准等作具体阐释。2015年新《行政诉讼法》将确认无效判决单独列为一项判决方式,其独立价值得以显现,设立确认无效判决的意义在于对法实质正义的维护以及对行政相对人权益的保障。但是通过对相关理论的研究以及对大量司法实践案例的分析,发现确认无效判决在适用中仍存在着一些问题,比如“重大且明显违法”的涵义模糊、是否受起诉期限限制不明确、不同判决方式适用混乱、原被告举证责任分配不清等。本文结合2018年《最高人民法院关于适用<中华人民共和国行政诉讼法>的解释》第九十四条、九十九条相关规定,对所存在的问题提出了相应的完善措施:通过对所搜集到的案例进行分类讨论,进一步明晰了“重大且明显违法”的内涵;确认无效之诉应当在“适当期间”内提出,“适当期间”是最高人民法院在2016年再审审理郭家新等人诉淄博市博山区人民政府解除聘任关系一案中提出的一种具有创新性的构想,其突破了起诉期限只能是有或无的传统观点,但是对于“适当期间”范围的确定最高人民法院并未作出具体的说明,本文对于“适当期间”的合理性作了阐释,对其认定标准作了细化,认为其应遵循个案化标准以及不低于法定的起诉期限;对于确认无效判决与撤销判决二者间的关系模式,我国采用的是并列关系,司法解释第九十四条的规定符合行政诉讼法保护行政相对人合法权益的立法目的;在法定起诉期限内,被告对其作出行政行为的合法性承担举证责任,原告对“重大且明显违法”承担举证责任,超过法定起诉期限的,由原告承担举证责任,被告无须再承担举证责任。