目前，商业秘密侵权案件的绝对数量相对于其他知识产权类型的案件来说虽然不多，但是案件审理难度较大、案情较为复杂，是知识产权纠纷中疑难问题最多的案件类型之一。其重要原因是法官对案件所争议的法律问题和事实问题需要进行认定，然而他们本身对于涉案的技术问题和专业领域的知识相对欠缺，法官一般是很难依靠法律知识和司法审判经验做出正确的判断。为了寻求公正和正确的司法判断，需要借助第三方鉴定机构就案件所涉技术问题组织鉴定，通过其所出具的客观、科学的鉴定意见为依据对案件做出公正的判断。对于商业秘密侵权案件所涉及的司法鉴定问题，我国法律并不健全。在司法实践中，司法鉴定机构所涉及的资质、鉴定范围、鉴定程序中举证责任等相关问题都存在不同意见，从而导致在司法实践中存在诸多问题。本文将结合商业秘密侵权案件相关案例分析司法鉴定中所存在的问题，着重研究商业秘密的构成要件及其范围界定、司法鉴定的范围和对象；通过案例中所存在司法实践问题进行分析；完善我国商业秘密案件的司法鉴定制度，建立“多元化”的管理体制，以使鉴定意见更具科学性，管理更加规范，司法更加公正。本文通过上述探讨，期以对我国商业秘密侵权案件司法鉴定案件的审判实务有参考性价值。