青峪猪生长发育规律和拐点期差异表达基因及最佳肉质性状日龄研究

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青峪猪主要分布在四川盆地北部大巴山区,是湖川山地猪在四川盆周山区的一个类群。青峪猪具有耐粗饲、适应性强,肉质好等特点,尤其以富含“雪花肉”而著称。和很多地方猪品种一样,青峪猪一直缺乏有效保护,生物学特性相关的基础研究十分有限。为更好的保护这一独特的品种资源,针对青峪猪的生长发育规律和不同生长阶段的基因表达特性及肉质性状差异开展了研究。首先,利用Gompertz、Logistic和Von Bertalanffy等3种非线性模型对青峪猪的体重和体尺生长规律进行非线性拟合,得到了相应的生长曲线。并通过残差标准误(RSE)、决定系数(R~2)、校正系数R~2(adj.R~2)、赤池信息准则(AIC)和贝叶斯信息准则(BIC)等评估各模型的最优拟合度,确定体重和体尺的最佳数学模型,并计算相应的最大生长速度拐点(MGR)、“慢增期—快增期”拐点(GRI)和“快增期—缓增期”拐点(RSI)等重要生理参数。再建立混合效应模型进一步探究体重和体尺的基本生长发育规律。选取3个拐点(MGR,GRI和RSI)肌肉样品进行转录组测序(RNA-seq),分析3个拐点的基因表达差异,从而研究青峪猪不同生长发育阶段的基因表达特性。最后,结合不同生长阶段肉质差异对比,通过主成分分析和综合评分的方法,确定了青峪猪获得最佳肉质的屠宰日龄。主要结果如下:1.青峪猪体重的最优生长模型为Von Bertalanffy模型,体尺(体长、体高、胸围、胸宽、腹围、臀围)最优模型为Logistic模型。其中,青峪猪体重的3个拐点日龄分别为23.82d(GRI)、156.41d(MGR)和288.97d(RSI),拐点体重为3.14kg(GRI)、51.74kg(MGR)和107.03kg(RSI)。2.青峪猪生长发育过程中,体尺和体重的发育不同步,体尺发育快于体重。体躯长轴、四肢和体宽的发育也不同步,而整个体躯的前后发育是同步的。通过体长指数(LI)发现,早期体高的相对生长强度大于体长,到达70d后体长的相对生长强度大于体高;通过胸围指数(CCI)可以发现,早期胸围的相对发育强度是大于体长和体高;青峪猪臀围发育时间最短,这可能是青峪猪臀围不发达原因之一;在生长发育后期(RSI点以后)其体重的增长和体高显著相关。3.通过分析青峪猪体重的影响因素发现,青峪猪早期的生长发育存在显著的批次效应,故保育前期饲养应该注意环境控制;青峪猪整个出栏周期的生长发育都存在显著的公猪效应,故要注重对高性能公猪的选育。4.青峪猪三个拐点期肌肉组织样品的转录组测序结果表明,在生长发育早期(GRI拐点),差异表达基因主要集中在细胞的增殖、信号传导和动物机体发育等。在生长发育中期(MGR拐点),差异表达基因主要集中在细胞的代谢、细胞器化学反应、蛋白质合成等。在生长发育后期(RSI拐点),差异表达基因主要集中在细胞对有机物的反应、细胞器的化学反应和脂质代谢等过程。在整个发育过程中,机体的免疫系统随着机体的成熟而越发完善。5.青峪猪在生长发育后期(RSI拐点以后)脂肪沉积的能力增加,并且后期以脂肪沉积为主,通过主成分分析和肉质综合评分可知在365日龄青峪猪综合肉质最佳。
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