为了回应环境法治完善的现实需要与生态文明建设的时代要求,生态环境损害赔偿制度作为我国环境保护规范领域的创新制度在2015年底出台《生态环境损害赔偿制度改革试点方案》中首创提出。磋商程序作为该制度重要环节,其旨在通过开放包容的协商和广泛的公众参与化解“生态环境修复者缺位”的现实难题,在既有的环境救济方式外提供一种协商共治的模式,更好地发挥行政机关在生态环境治理过程中的作用,提高生态环境修复问题的解决效率。2017年《生态环境损害赔偿制度改革方案》的正式颁布,使生态环境损害赔偿制度在全国范围内得以初步建立。改革方案虽然在试点经验的总结上对磋商制度做出进一步完善,但关于磋商的法律性质、程序规则、权利救济等问题都缺乏明确规定,以至实践中磋商制度面临一系列现实问题,主要体现在制度认识上的错位和制度构建上的短视,例如第三方参与机制不完善、司法确认制度存在弊端等等。明确磋商制度的法律属性,是进行磋商制度研究的基石与前提。学术界对磋商的法律属性存在争议,主要有“民事磋商说”“行政磋商说”“行政事实行为说”“双阶构造说”等不同分歧。生态环境损害赔偿磋商运用非对抗性平等协商的手段达成协议,环境保护行政机关和环境损害人之间基于生态环境损害赔偿的磋商并非民事法律关系,行政主体作为赔偿权利人对于其生态环境损害的索赔权并不能像民事权利一样任意处分,其本质上是区别于传统强制性环境治理的协商式行政。生态环境损害赔偿磋商协议兼具行政性和契约性,从主体、目的、内容、形式、实质等方面都符合司法解释对行政协议的定义。基于对磋商制度的协商式行政定性,磋商制度的实践中存在一系列现实问题,例如《改革方案》规定的对磋商协议申请司法确认制度的合理合法性值得商榷,从实现生态环境多元治理的角度,赔偿义务人权利救济存在缺位,第三方参与磋商程序有待完善。围绕磋商的主体、程序、救济、监督等方面,为重构生态环境损害赔偿磋商的制度提出了建议。